PyRosetta的安装可以通过多种方式进行,其中之一就是通过Conda工具进行安装。Conda是一个包管理工具,允许用户在同一环境中管理不同的Python版本和库。为了通过Conda安装PyRosetta,您需要先在PyRosetta官网申请学术下载证书,以获取具有下载权限的用户名和密码。首先,确保您已经安装了Miniconda或Anaconda,这是一个包含Python和Conda...
激活之后会看到命令提示符前出现了(base),说明已经在conda的默认环境中,如何添加和切换其他conda环境请自行百度,此处不予赘述,之后每次登陆服务器想要进入和退出conda环境,在conda环境中安装应用可通过以下代码实现: conda activate #进入conda环境 conda deactivate #离开conda环境 conda install XXX #安装XXX至conda环境 ...
# 安装特定版本的PyRosetta: conda install pyrosetta=<version> PyMOLRosettaServer的配置 PyRosetta的一大特点在于可以使用PyMOL作为可视化的窗口,实时观测采样的过程。 首先安装PYMOL, 通过conda可以轻松获取。 conda install -c schrodinger pymol 双击点开Pymol, File>Edit pymolrc. 在其中添加:(路径根据自己PyRoset...
通过采用 conda 安装方式，用户可以绕过直接使用 root 权限的问题。首先，需在 PyRosetta 官网申请学术下载证书，获取用户名和密码。接下来，通过 wget 命令下载安装包，并根据提示进行安装。安装完成后，可激活conda环境，实现应用的安装与管理。在conda环境中，用户可以添加特殊的下载频道，以获取稳定高速的...
PyRosetta可以使用Conda进行安装,支持Python3.6版本,就单指安装或者学习而言方便了就很多。 安装过程: conda activate python3 复制 激活python3环境 vim~/.condarc 复制 在这里配置你的conda的源 i开始修改,增加源 复制 注意你的源的格式: https://username:password@conda.graylab.jhu.edu ...
因此，对于常规任务而言，Dask的使用并不被推荐。为确保Dask与PyRosetta的协同工作，用户需遵循特定的环境配置和版本要求。首先，确保添加正确的conda源，创建conda虚拟环境，并按照特定的conda_environment.yml配置文件进行环境搭建。这将有助于提升国内下载速度，并确保软件环境的兼容性。
PyRosetta的一大特点在于可以使用PyMOL作为可视化的窗口,实时观测采样的过程。首先安装PYMOL, 通过conda可以轻松获取: conda install-c schrodinger pymol 双击点开Pymol, File>Edit pymolrc. 在其中添加:(路径根据自己PyRosetta安装的地址进行填写) run /opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/pyrosetta/PyMOLRose...
这个Jupyter笔记本需要PyRosetta分布式层。请确保在运行此笔记本之前激活PyRosetta.notebooks conda环境。内核设置为使用此环境。 importlogging logging.basicConfig(level=logging.INFO)importmatplotlib%matplotlib inlineimportosimportpandasaspdimportpyrosettaimportpyrosetta.distributed.viewerasviewerimportseaborn ...
从官网下载预编译包，适用于Mac, Linux, Windows，使用命令行进行安装。通过Conda源安装，2019年后更便捷，需在~/.condarc中添加PyRosetta channel，然后输入相应命令。PyMOLRosettaServer配置PyRosetta支持PyMOL可视化，安装PyMOL后，编辑pymolrc文件，添加PyRosetta的路径，确认配置成功。API文档与查询工具...
echo " - https://$pyrosetta账号:pyrosetta密码@conda.graylab.jhu.edu" >> $HOME/.condarc echo " - defaults" >> $HOME/.condarc conda env create -f conda_environment.yml conda activate pyrosetta 创建conda虚拟环境: conda env create -f conda_environment.yml ...