set cartoon_flat_sheets, 0 将会使beta条带沿骨架的正确路径延伸并给出更精确的结构描述当关闭smoothing功能后,整个分子的cartoon表现将会有实质性的改变: 例如当smoothing开启时: set cartoon_flat_sheets, 1 set cartoon_smooth_loops, 1关闭后: set cartoon_flat_sheets, 0 set cartoon_smooth_loops, 0这更...
PyMOL>load $PyMOL_path/test/dat/pept.pdb 命令输入后,PYMOL会打开读取“pept.pdb”,创建并命名相应的对象,在Viewer中显示图像并在控制板中添加对象。 默认状态下,PYMOL会在文件读取后命名对象,当然也可以重命名对象: 语法 load data-file-name,object-name 例如 PyMOL>load $PyMOL_path/test/dat/pept.pdb...
在这之前,让我们先看一下关于label的其他设置:投影模式,可选值0(无投影),1(object有投影到label上,但是label本身无投影),2(object有投影到label上,label也有投影),3(object不投影到label上,label本身有投影):Pymol> set label_shadow_mode, 3文字颜色:Pymol> set label_color, color-name, selection标签...
set direct,0; set reflect,1.5; set ray_shadow_decay_factor, 0.1; set ray_shadow_decay_range, 2; set depth_cue, 0; ray; 下图中,输入“BW”可以获得一张黑白的Cartoon样式: 下图中,我们输入了“colorh2”可以使蛋白结构根据疏水性进行着色: 上面是我们使用“Shortcut”快捷命令包的几个例子,实际上当...
yellow, ss s Pymol> color green, ss l+"" 其中“ss”代表secondary structure 三维分子模型软件PyMOL 官方网址 https://pymol.org 下载链接 https://pymol.org/installers/PyMOL-2.3.2_79-Linux-x86_64-py37.tar.bz2 运行平台 Linux, MacOS, Windows PyMOL是一个开放源码,由使用者赞助的...
Pymol set cache_frames,0 ? Pymol Mpng mov ? Pymol mclear 23 PyMOL基本操作 ? Pymol的基本操作,包括窗口菜单、加载文件、图像处理等等。可以用鼠标操作,也可以用命令操作。 ?鼠标操作 24 ?命令操作 ? Pymol是区分大小写的,不过目前为止Pymol还是只用小写。 ? Pymol的命令都是由关键词(keyword)加上...
2. For performance reasons, you may want to setthe segments to a small number while workingwith...
最后设置一下surface的透明度,把表面内的cartoon显示出来set transparency,0.4透明度取值从0到1,0是完全不透明,1是完全透明。到此再ray一下,保存即可得到第二张精美图。第三张图只是把表面的颜色改了改,如果用前面所学的color改的话,连cartoon的颜色也会改掉,而只想改变surface的颜色,得使用下面的命令set surface_...
Internal-index-number 单整数 PyMOL>select intid,index 11 ss ss Secondary-structure-type单字母 PyMOL 17、>select allstrs,ss h+s+l+’‘学到此,先复习一下,温故而知新嘛选择操作 select geng,resi 212 select geng,resn glu 选择所有glu残基并起名为geng select geng,name c+n+o 选择所有c、n、...
26 Pymol> bg_color white Pymol> 进入measurement模式测量我们所需要的距离 Pymol> set dash_length Pymol> set dash_radius Pymol> set dash_gap Pymol> set dash_color, grey 在pymol中导入电子密度图假设我们已经有了一个蛋白质的pdb文件(protein.pdb 53、)和mtz()文件,这样我们就可以用fft(Fast Four...