set cartoon_flat_sheets, 0 将会使beta条带沿骨架的正确路径延伸并给出更精确的结构描述当关闭smoothing功能后,整个分子的cartoon表现将会有实质性的改变: 例如当smoothing开启时: set cartoon_flat_sheets, 1 set cartoon_smooth_loops, 1关闭后: set cartoon_flat_sheets, 0 set cartoon_smooth_loops, 0这更...
yellow, ss s Pymol> color green, ss l+"" 其中“ss”代表secondary structure 三维分子模型软件PyMOL 官方网址 https://pymol.org 下载链接 https://pymol.org/installers/PyMOL-2.3.2_79-Linux-x86_64-py37.tar.bz2 运行平台 Linux, MacOS, Windows PyMOL是一个开放源码,由使用者赞助的...
在这之前,让我们先看一下关于label的其他设置:投影模式,可选值0(无投影),1(object有投影到label上,但是label本身无投影),2(object有投影到label上,label也有投影),3(object不投影到label上,label本身有投影):Pymol> set label_shadow_mode, 3文字颜色:Pymol> set label_color, color-name, selection标签...
PyMOL>load $PyMOL_path/test/dat/pept.pdb 命令输入后,PYMOL会打开读取“pept.pdb”,创建并命名相应的对象,在Viewer中显示图像并在控制板中添加对象。 默认状态下,PYMOL会在文件读取后命名对象,当然也可以重命名对象: 语法 load data-file-name,object-name 例如 PyMOL>load $PyMOL_path/test/dat/pept.pdb...
set ray_shadow_decay_factor, 0.1; set ray_shadow_decay_range, 2; set depth_cue, 0; ray; 下图中,输入“BW”可以获得一张黑白的Cartoon样式: 下图中,我们输入了“colorh2”可以使蛋白结构根据疏水性进行着色: 上面是我们使用“Shortcut”快捷命令包的几个例子,实际上当然功能更多,该快捷命令包提供了一共...
7、in按肽链着色,by ss按二级结构着色(secondary structure),spectrum是指渐变色,还有red、green等等各种颜色。点击一下by ss,你会发现螺旋、折叠和无规则卷曲显示成了不同的颜色,这样显示整个结构是不是更清楚了。 那么怎么用命令实现着色呢?比如整个蛋白显示绿色,命令是color green对螺旋、折叠和无规则卷曲着不同的...
2. For performance reasons, you may want to setthe segments to a small number while workingwith...
通过set命令可以更改下载源,例如set fetch_host,pdb。其中pdb数据库有两个镜像库,分别是欧洲的pdbe和日本的pdbj。 如果想下载PDB文件,则可通过type进行声明 PyMOL>fetch 4hkb,type=pdb HEADER IMMUNE SYSTEM 15-OCT-12 4HKB TITLE CH67 FAB (UNBOUND) FROM THE CH65-67 LINEAGE ...
Pymol set cache_frames,0 ? Pymol Mpng mov ? Pymol mclear 23 PyMOL基本操作 ? Pymol的基本操作,包括窗口菜单、加载文件、图像处理等等。可以用鼠标操作,也可以用命令操作。 ?鼠标操作 24 ?命令操作 ? Pymol是区分大小写的,不过目前为止Pymol还是只用小写。 ? Pymol的命令都是由关键词(keyword)加上...
name=str:nameofobject to create{default:}ss=int:Secondary structure1=alpha helix,2=antiparallel beta,3=parallel beta,4=flatEXAMPLEfabACDEFGHfabACDEFGH,helix,ss=1In[10]:pymol.cmd.fab('ACDEFGH','helix',ss=1)# 看下object列表 In[11]:pymol.cmd.get_object_list()Out[11]:['3nss','helix...