调整视角,在命令窗口输入‘ray’渲染出图5.3 p–p 作用a.关于对象(E2O_around5),单击H–valence隐藏化合价; 主菜单栏选择Wizard → Measurement,测量类型改为[Distances to Rings],分别选中存在p–p 作用的芳香环上的任一原子,即显示两环间距离并创建新对象(measure01)和(measure02)b...
18.β折叠放上面,α螺旋放下面。命令行输入:ray 1600,1200 19.标记水分子:将三个保留的水分子点上 label-residue identifier 20.如何移动标签 选择atoms 按住ctrl 点住左键拖动 21.如何测量原子之间的距离 点击distances点击两个原子,就会显示两原子之间的距离 22.导出图片...
PyMOL是第一个拥有高速光线追踪器的全功能分子图像程序。 通过ray命令或点击“ Ray” 按钮,可以光线追踪PyMOL内的任意图像。内置的光线追踪器也使组配高质量的动画成为可能。 6、探测静电力学 PyMOL能够利用泊松波尔兹曼方程计算水溶液状态下的静电力学。 7、动画制作 PyMOL有强大的分子动画制作功能。 几个重要概念:...
通过菜单栏点击“File -> export image as -> png”可对当前窗口的图片进行保存。更推荐大家使用命令行导出图片。默认情况下导出的图片大小与当前结构显示窗口的大小一致,为方便导出固定大小的图片,可通过以下命令修改窗口大小: viewport 1200, 900 此外,一般保存的图片都要进行渲染,那么可直接使用ray命令: ray 1200...
在进行完对所选模型的深入分析后，可以选择将展示结构导出并保存经过渲染的蛋白结构为png格式图片。在导出前，点击ray选项可以增强结构的光泽度和立体感，使图片更加生动。通过以上指南，相信大家对Pymol的使用有了更加全面的了解。Pymol不仅功能强大，还是后续分子对接和药物筛选工作的重要基础。希望大家能进一步深入学习...
最后一步做3D渲染,在菜单窗口,或者显示窗口的输入栏,输入 ray 1000,1000。其中ray是命令,1000,1000是表示生成1000x1000像素的图片。可以根据自己需要改变这两个数字。 3D渲染好以后,就可以把图片存下来了。菜单窗口-File-Save Image As-PNG,输入...
pymol命令符以下是个人总结的常用的生物学pymol软件常用的命令符 pymol命令符 以下是个人总结的常用的生物学pymol软件常用的命令符,修改相应的三维结构模板名称就可以使用 ray before save image draw 1200, 900 ray 1200, 900 1. To select all residues with a given identifier in any object: select my_...
b/37/og dihedral - 用于测量二面角 dihedral measure03, a/18/n, a/18/ca, a/18/cb, a/18/cg 5 关于绘图 draw - 绘制一张基于OpenGL的图像 draw 1600,1200 ray - 绘制一张光线追踪的图像，该图像具有比OpenGL更好的照明和阴影 ray 1200, 900 png - 将图片以PNG格式保存 png my_image.png ...
谷歌翻译:“ray”创建当前帧的光线跟踪图像。这可能需要一些时间(最多几分钟,具体取决于图像复杂程度)。 >直接看成图比较好理解 ###步骤: >命令行操作: >先贴一个链接:https://pymol.org/dokuwiki/doku.php?id=command:ray 这是指令的一个链接,毕竟如果我说的不对还有原始参考文献。 代码语言...