在Pymol的命令行中输入“show all”,可以显示出蛋白质的所有原子。 3. 在命令行中输入“get_coord_list”,可以获取蛋白质的所有原子坐标。 4... 检测蛋白质-第三方检测中心 检测蛋白质,找专业检测蛋白质机构,高校,科研机构,企业选择的服务单位.全国多家企业合作机构,国内外专业检测蛋白质机构,依据国标/行标进行...
cmd.exp_path cmd.extend cmd.extendaa cmd.find_pairs cmd.get_atom_coords cmd.get_cifstr cmd.get_color_index cmd.get_color_indices cmd.get_color_tuple cmd.get_coords cmd.get_coordset cmd.get_fastastr cmd.get_frame cmd.get_legal_name cmd.get_model cmd.get_names cmd.get_names_of_type...
get_null() center = cpv.get_null() count = 0 for x in coords.itervalues(): if 'C' in x and 'N' in x: vec = cpv.add(vec, cpv.sub(x['C'], x['N'])) for coord in x.itervalues(): center = cpv.add(center, coord) count += 1 if count == 0: print 'warning: count...
基本命令(也可使用鼠标操作,但不如命令来得简单) pwdshow current directorydir list file in the current directorycd directory #change directory load xxx #注意要打上扩展名,例如 1LMK.pdb,否则会 error…
Opensource molecular visualization system. Fork of http://sourceforge.net/projects/pymol/ We provide pymol windows installer for python2.7, for both pymol 1.5 and pymol 1.6 - pymol/pymol/ChangeLog at master · evonove/pymol
get_atom_coords(Input)) cmd.extend("Coord", Coord) def replace_words(text, word_dic): rc = re.compile('|'.join(map(re.escape, word_dic))) def translate(match): return word_dic[match.group(0)] return rc.sub(translate, text) def shortaa(longaa): aa_dic = {'ARG': 'R', '...
="pdb/f8/pdb1f8u":# list.pop(0)forfileinlist:printfile cmd.delete('pdb')cmd.load(file,'pdb')cmd.orient('pdb')cur_rep=rep.pop(0)rep=rep+[cur_rep]getattr(pymol.preset,cur_rep)('pdb')cmd.refresh()# give PyMOL a chancetime.sleep(0.02)time.sleep(0.02)time.sleep(0.02)time....