from pymol import cmd, cgo from pymol.cgo import * import numpy from random import randint def matriz_inercia(selection): model = cmd.get_model(selection) totmass = 0.0 x,y,z = 0,0,0 for a in model.atom: m = a.
# 导入必要的库 from pymol import cmd, cgo from pymol.cgo import * import numpy from random import randint # 计算惯性张量及相关操作 def matriz_inercia(selection): model = cmd.get_model(selection) totmass = 0.0 x, y, z = 0, 0, 0 for a in model.atom: m = a.get_mass() x +=...
2.输入指令select protein, residue 1-317 ##residue1-317 改成你需要分析的蛋白的氨基酸残基数,即读取要分析的蛋白的氨基酸数 3.输入指令open("ss-test.txt","w").writelines( ["Residue %s: %s\n"%(a.resi,a.ss) for a in cmd.get_model("protein" +" and n. ca").atom] ) ##ss-test.txt...
srlig =[] cmd.load(file_path + '\\' + i) sss = lig cmd.remove('solvent') cmd.select('1', ' resn %s in chain %s' % (sss,chainID)) # cmd.set_name('') cmd.select('2', 'byres 1 around 3.5')#3.5原子间的距离 srlig.append(i[0:4]) for a in cmd.get_model("2")....
打开PyMOL加载分子结构后，选中目标原子或残基，输入命令get_position，坐标值会显示在屏幕下方的命令反馈栏。比如选中第100号原子，输入get_positionsele，返回结果类似[10.5,20.3,15.7]，对应X、Y、Z轴的位置。想导出全部坐标，可用save命令保存为PDB文件，用文本编辑器打开就能看到所有原子的坐标信息。调整原子...
cmd.get_area("B1", load_b=1) selectexposed_residues, B1 and b > 20 color white, exposed_residues # BAF 复合物表面中“可能用于结合”的区域 cmd.get_area("B1", load_b=1) selectsurface_residues, B1 and b > 1 selectexposed_protein, surface_residues and polymer.protein ...
get_model('sele').atom[0].coord) Q19. pymol有没有命令返回在氨基酸编号,在小分子4A范围内氨基酸的编号? 这里以JAK1 (PDB ID:3EYG)为例, 示例代码如下: from pymol import cmd select mt1around5, name ca and byres (resn MI1 around 5 and polymer) and name ca atoms =cmd.get_model("mt1...
PyMOL用户指南目录一、 鼠标操作入门 4(这个数字是超链接,ctrl+左键)1. 启动41) 通过鼠标42) 通过命令行42. PyMOL窗口41) Virewer窗口42) 外部GUI窗口53. 下载PDB文件54. 操控视图61) 基本鼠标控制62) 虚拟滚动球
(.py或.pym为扩展名)应用Pythonloop载入一系列编好号的PDB文件,然后配置PyMOL显示它们向前和向后:fromglobimportglobfromPyMOLimportcmdfile_list=glob(“mov*.pdb”):forfileinfile_listcmd.load(file,“mov”)cmd.mset(“1-%d-2”%len(file_list))预览ray-traced动画图片PyMOL能够在RAM中缓存一系列图片,...
(.py 或.pym为扩展名)应用Python loop载入一系列编好号的PDB文件,然后配置PyMOL显示它们向前和向后: from glob import glob from PyMOL import cmd file_list = glob(“mov*.pdb”): for file in file_list cmd.load(file,“mov”) cmd.mset(“1 -%d -2”%len(file_list)) 预览ray-traced动画图片...