PyMOL>select 007,chain a and (not resi 125)PyMOL>select boy,(name cb or name cg1 or name cg2) and chain a #这两个 PyMOL>select girl,name cb+cg1+cg2 and chain a #命令是等效的逻辑运算像算术运算一样是有顺序的,为确保操作正确执行,必要时使用括号: Byres((chain a or (chain b and...
git clone git://github.com/Pymol-Scripts/Pymol-script-repo 将其移动至:Anaconda安装路径\Lib\site-packages\pymol\pymol_path\Pymol-script-repo。 打开记事本,写入: # Add paths to sys.path so PyMOL can find modules and scriptsimportsys,ospymol_git=os.path.abspath(os.path.join(os.environ[...
当创建一个selection-name后,PYMOL会在控制面板显示出,以便利用面板里的控制功能(见“PYMOL命令”)。 命名的选择(named-selection)如“boy007”和PYMOL的对象(object)是有本质区别的。当载入文件时PYMOL创建object-name用来盛放数据,而选择是指向一组数据的方式。为了区别selection-names和object-names,在控制面板里s...
Pymol> log_open script-file-name .pml #记录一个文本文档, 该文件的后缀名应为.pml Pymol> log_close # 终止记录 Pymol> @script-file-name # 调用该文档 会话文件的保存 外部GUI窗口里面的File - Save Session,创建一个会话文件(.pse),下次打开Pymol时直接回到当前所在的状态。 两者区别: 文档文件可以...
从名字可以看出来,这款软件是由python编译的,所以如果你学了点python,现在又不知道用来干什么,不如一起来学习一下这款软件的操作。 这款软件的功能很强大,作为一款集制图、动画和演示于一体,下面分别从三个方面来看一看这款软件的厉害之处: 关于制图。PyMol是Molscript, BobScript, PovScript, 和 Raster3D这些软...
要运行上述Pymol脚本,你需要先确保已经安装了Pymol,并在Python环境中正确导入了Pymol模块。你可以在命令行中运行Pymol,并使用run命令来执行这些脚本。 bash #!/bin/bash pymol -c "run path/to/your/script.py" 这些示例提供了Pymol的一些基本操作,包括加载分子、选择和操作分子以及保存视图。你可以根据自己的...
17、Pymol> log_open script-file-name这样以后当你再次调用该文档时,Pymol将执行上面的所有命令:Pymol> script-file-name不过注意,如果你想记录当前视角,那么必须使用get_view命令。你可以选择外部GUI窗口中的File Append/Resume/Close Log来分别暂停记录/恢复记录/停止记录该文档。你可以随时编辑该文档。在linux下...
? Pymol名字的来源:“Py”表示该软件基于python这个计算机语言, “Mol”则是英文分子(molecule)的缩写,表示该软件用来显示 分子结构。 ? PyMOL适用于创作高品质的小分子或是生物大分子(特别是蛋白质)的三维结构图像。软件的作者宣称,在所有正式发表的科学 文献中的蛋白质结构图像中,有四分之一是使用PyMOL来制作...
Windows系统下,可以双击脚本图标,点击“File”菜单的“Run”选项或者输入命令”打开一个脚本:语法scripe-file-name例如PyMOL>my_script.pml通过命令启动PyMOL时可同时打开目标脚本(在“运行”或“命令提示符”中)语法PyMOL scipt-file-name例如(Windows)C: 29、>PyMOL.exe my_script.pml2) 图像文件当你想保存...
Showing 1 changed file with 7 additions and 5 deletions. Whitespace Ignore whitespace Split Unified 12 changes: 7 additions & 5 deletions 12 poseview.py Original file line numberDiff line numberDiff line change @@ -6,6 +6,8 @@ License: BSD-2-Clause ''' from __future__ import ...