【分析氢键相互作用】 07:43 【分析非极性相互作用】 只能通过测量距离判断是否属于非极性相互作用的范围 09:28 【放假原子】 测量好之后点击完成!!! 不然会一直处在测量模式 【Π-Π interaction也是在两个苯环中心放两个假原子测量两个苯环之间的距离,判断是否有Π-Π 相互作用】 Π-Π interaction的距离限制是...
探索蛋白质相互作用,可以通过文献,选择互作蛋白间可能发生互作的结构域,建立截短突变或点突变蛋白,分析蛋白互作的变化;还可以通过预测蛋白相互作用的结构域。 1.ZDOCK蛋白-蛋白对接 1.1蛋白结构下载 https://www.rcsb.org/,优先使用来源于实验的PDB(Protein Data Bank )结构,若没有实验结构可以使用来源于AlphaFold的...
bili_618423创建的收藏夹pymol内容:Pymol - 分析蛋白-蛋白相互作用界面,如果您对当前收藏夹内容感兴趣点击“收藏”可转入个人收藏夹方便浏览
这一期我们将向大家展示如何使用Pymol(https://pymol.org/2/)对蛋白互作结构域进行可视化分析。 Pymol是一个很强大的蛋白结构分析可视化软件。这一期的蛋白相互作用结构域可视化分析与后续的小分子-蛋白对接专题都会使用到Pymol这个软件。其操作界面和各部分的功能如图1所示。今天我们展示的分析流程需要先用Pymol对蛋...
催更版本-利用pymol分析蛋白互作结果, 视频播放量 3436、弹幕量 5、点赞数 182、投硬币枚数 123、收藏人数 488、转发人数 47, 视频作者 特大柚子皮, 作者简介 ,相关视频:如何用pymol做出可发表级别的相互作用图,Pymol作图入门教程1,分子对接pymol可视化教程,【科研绘图
pymol显示蛋白与蛋白之间的相互作用的命令 pymol显示蛋白与蛋白之间的相互作用的命 令 Pymol是一款常用的分子可视化软件，可以用于展示和分析蛋白质的三维结构以及蛋白质之间的相互作用。本文将介绍一些常用的Pymol 命令，帮助读者快速了解如何使用Pymol显示蛋白与蛋白之间的相互作用。首先，我们需要了解如何导入蛋白质的...
ps:大家可以修改脚本中各个相互作用的cutoff,pymol显示相互作用自带不精确,但是可以大致看看。 使用说明 terminal:pymol -qc show_protein_protein_interaction.py -- pdb文件 Chain ID(可以是单链也可以是多链,多链之间用“+”号) Chain ID cutoff (定义界面氨基酸) pymol -qc show_protein_protein_interaction...
以为大家展示的这个对象为例--- 3ODU(一种与癌症转移和HIV感染有关的G蛋白偶联受体),我们可以直接按照以下路径直接打开:在External GUI中选择 File—Get PDB,出现如下对话框,输入我们要找的蛋白质的PDB号,点击Download,就可以直接下载对应的PDB文件了,快速方便。
在我们进行化学信息学相关的研究时,通过Autodock、schrodinger、Discover studio、MOE、ZDOCK等CADD软件进行蛋白蛋白互作时,通常需要对蛋白互作界面进行相关的分析,但由于有的软件并没有限定界面的操作。因此,我们想要对所对接得到的结果进行分析的时候,通常需要通过pymol自带的脚本来自动定义对接的界面。
如果你已经使用PyMOL进行了蛋白质相互作用分析,那么结果通常会以一系列的图像和数据形式呈现。 一般来说,PyMOL的分析结果可能包括以下内容: 1.蛋白质相互作用图:通过PyMOL的界面,你可以创建一张图,显示两个或多个蛋白质之间的相互作用。这张图通常会详细列出每一种相互作用,包括参与相互作用的氨基酸残基、氢键的...