运行上述代码后，我们将在图中看到态密度的轨道投影信息。若仅需展示总态密度（TDOS），则在创建BSDOSPlotter对象时，将dos_projection和bs_projection参数均设置为None。以下是相应的代码示例：from pymatgen.electronic_structure.plotter import BSDOSPlotterfrom pymatgen.io.vasp.outputs import Vasprun 读取dos计算...
from pymatgen.core.structure import Structure import numpy as np # 不用科学计数法表示 np.set_printoptions(suppress=True, precision=3) # 输出原子位点信息 def get_structure_info(structure: Structure): print(f"natoms: {len(structure)}") print("\natoms site info:") for site in structure: ...
frompymatgen.core.structureimportStructure# 定义晶体结构nacl_structure=Structure(lattice=[[5.64,0,0],[0,5.64,0],[0,0,5.64]],species=["Na","Cl"],coords=[[0,0,0],[0.5,0.5,0.5]])# 打印晶体结构print(nacl_structure)# 获取晶体结构的元素种类print(nacl_structure.symbol_set)# 获取晶体结构...
使用structure属性获取结构对象的晶体结构。 使用cart_coords方法获取晶体结构中所有原子的笛卡尔坐标。 例如,以下是从pymatgen结构对象中提取坐标的示例代码: 代码语言:txt 复制 from pymatgen import Structure # 创建一个pymatgen结构对象 structure = Structure.from_file("example.cif") # 获取晶体结构中所有原子...
数据库存储:将结构对象保存到数据库中,以便进行快速检索和查询。可以使用pymatgen提供的接口与各种数据库进行交互,如MongoDB、MySQL等。例如,可以使用db.collection.insert_one(structure.as_dict())将结构对象保存到MongoDB数据库中的指定集合中。 云存储:将结构对象保存到云存储服务中,以便实现数据的备份和共享。腾...
print(structure) 这个脚本首先导入pymatgen库,然后创建一个简单的立方结构。最后,它打印出结构的信息。如果一切正常,你应该能够看到立方结构的详细信息。如果你在运行代码时遇到任何问题,可能是由于pymatgen库没有正确安装或者版本不兼容。在这种情况下,你可以尝试重新安装pymatgen,或者查阅相关文档和社区以寻求帮助。相...
使用Structure.from_file方法从POSCAR文件中读取结构数据。 python from pymatgen import Structure structure = Structure.from_file("POSCAR") 解析POSCAR文件内容: pymatgen已经自动解析了POSCAR文件的内容,并将结构信息存储在Structure对象中。 搜索并获取指定元素的所有位置坐标: 遍历结构中的每个位点,检查每个位点的...
Pymatgen 包含一系列能够表示元素(Element)、位点(Site)、分子(Molecule)、和结构(Structure)的类(Class)。它具有为很多计算软件提供前处理和后处理的能力。这些计算软件包括VASP,ABINIT,exciting,FEFF,QCHEM,LAMMPS,ADF,AIIDA,ASE,Gaussian,Lobster,Phonopy,Shengbte,Pwscf,和Zeo++等等。它能实现科研狗的众多后处理需...
Namespace/Package: pymatgencorestructure Class/Type: Molecule Method/Function: get_boxed_structure 导入包: pymatgencorestructure 每个示例代码都附有代码来源和完整的源代码,希望对您的程序开发有帮助。 示例1 def get_structures_from_trajectory(self): """ Convert the coordinates in each time step to ...
Namespace/Package:pymatgencorestructure Class/Type:Molecule Method/Function:from_dict 导入包:pymatgencorestructure 每个示例代码都附有代码来源和完整的源代码,希望对您的程序开发有帮助。 示例1 deftest_assimilate_opt_with_hidden_changes_from_handler(self):drone=QChemDrone(additional_fields={"special_run...