遍历搜索结果并处理所需的化合物信息。例如,可以打印每个化合物的CID和分子式: 通过以上步骤,可以在PubChemPy中使用搜索类型选项来查找所需的化合物。 PubChemPy是一个基于PubChem REST API的简化接口,可用于访问PubChem数据库。它提供了许多功能,如搜索化合物、获取化合物的属性和描述符、下载化合物的结构图等。Pu...
因此,提供了cid列表后,可以通过循环语句进行化合物3D构象的批量下载: importosimportpubchempyaspcpforcidincids:sdfpath=os.path.join(PATH,"{}.sdf".format(cid))try:pcp.download('SDF',sdfpath,overwrite=True,identifier=cid,record_type='3d')exceptpcp.NotFoundErrorase:print('No 3d Conformer for {}....
3.获取化合物信息:使用pubchempy库的get_compounds函数可以根据化合物的CID(PubChem Compound Identifier)获取化合物的属性信息。你可以使用以下代码获取某个具体化合物的信息: ``` cid = 12345 #替换为你要查询的CID compound = pcp.Compound.from_cid(cid) ``` 这将返回一个Compound对象,其中包含了该化合物的...
print('CID: {}\tMass: {}\tName: {}\tMolfor: {}\tSmi: {}\tSyn: {}'.format(l.cid,l.exact_mass,l.iupac_name,l.molecular_formula,l.isomeric_smiles,l.synonyms)) MFs=l.molecular_formula MWs=l.molecular_weight ISs=l.isomeric_smiles Sys=l.synonyms Cis=l.cid a.append(k) cc.appe...
PubChemPy提供了一种Python与PubChem进行交互的方法。 允许按名称、子结构和相似性进行化学搜索、化学标准化、化学文件格式之间的转换、化学性质的描述和检索。 PubChemPy功能 通过名称,SMILES,InChI和SDF搜索PubChem物质和化合物数据库。 检索给定输入结构的标准化化合物记录。 在SDF,SMILES,InChI,PubChem CID等之间转...
>>>frompubchempyimportget_compounds,Compound>>>comp=Compound.from_cid(1423)>>>print(comp.isomeric_smiles)CCCCCCCNC1CCCC1CCCCCCC(=O)O>>>comps=get_compounds('Aspirin','name')>>>print(comps[0].xlogp)1.2 Installation Install PubChemPy using: ...
PubChemPy提供了一种在Python中与PubChem进行交互的方法。 它允许按名称,子结构和相似性进行化学搜索,化学标准化,化学文件格式之间的转换,化学特性的描述和检索。 >> > from pubchempy import get_compounds , Compound >> > comp = Compound . from_cid ( 1423 ) >> > print ( comp . isomeric_smiles ...
遍历搜索结果并处理所需的化合物信息。例如,可以打印每个化合物的CID和分子式: 通过以上步骤,可以在PubChemPy中使用搜索类型选项来查找所需的化合物。 PubChemPy是一个基于PubChem REST API的简化接口,可用于访问PubChem数据库。它提供了许多功能,如搜索化合物、获取化合物的属性和描述符、下载化合物的结构图等。Pu...
PubChemPy提供了一种Python与PubChem进行交互的方法。 允许按名称、子结构和相似性进行化学搜索、化学标准化、化学文件格式之间的转换、化学性质的描述和检索。 PubChemPy功能 通过名称,SMILES,InChI和SDF搜索PubChem物质和化合物数据库。 检索给定输入结构的标准化化合物记录。 在SDF,SMILES,InChI,PubChem CID等之间转...