我们将使用Python和PubChem REST API来创建我们的爬虫。我们需要安装pubchempy库，它是一个用于访问PubChem数据库的Python接口。pythonimport pubchempy as pcp#搜索化合物compounds = pcp.get_compounds('aspirin','name')#获取化合物属性for compound in compounds: print(compound.iupac_name) print(compound...
- 在化合物的详情页面中,通常可以在“Names and Identifiers”等类似的栏目下找到该化合物的 SMILES 信息(对于乙醇,其 Canonical SMILES 为 `CCO`)。 ## PubChem网站API查询 ### 示例程序 ```python import requests def get_smiles_from_pubchem(compound_name): """ 根据化合物名称从PubChem数据库获取其SM...
可以使用此 API ( volkamerlab.github.io)自动化并处理大量数据。 但是尝试API接口之后只能获取到一些静态的信息,像下图中的信息是通过动态加载得到的,API接口无法得到,只好进行爬虫了。以下是具体实现的Python代码。 以下代码读取csv文件中的CID后到对应的PubChem网页中检查是否有“Interactions and Pathways”信息,有...
右键点击页面，选择"检查"（推荐使用谷歌浏览器），然后切换到"Network"选项。刷新页面后，你会看到一个带有'heading'参数的链接。点击它，获取到的数据API地址便展现在眼前，复制并打开新的页面查看。API返回的json数据结构较为复杂，需要逐步解析。例如，如果你需要抓取大量化合物的数据，可以编写循环，将...
PubChemPy是一个Python库,用于访问PubChem数据库中的化学信息。在PubChemPy中,可以使用搜索类型选项来指定搜索的类型,以便更精确地查找所需的化合物。 要在PubChemPy...
但是尝试API接口之后只能获取到一些静态的信息,像下图中的信息是通过动态加载得到的,API接口无法得到,只好进行爬虫了。 添加图片注释,不超过 140 字(可选) 以下是具体实现的Python代码。 以下代码读取csv文件中的CID后到对应的PubChem网页中检查是否有“Interactions and Pathways”信息,有的话直接下载相关的JSON文件。
这只是一个非常简单的demo,使用requests进行请求,然后可以扩展的地方有很多: 批量保存数据 筛选我们需要的数据类型和数据范围 大批量爬取 今天Tom已经使用这个api接口对数据进行了批量的爬取,所以以后就不用很机械的进行一个一个的搜索了。 今天的结果:
Python wrapper for the PubChem PUG REST API. Contribute to mcs07/PubChemPy development by creating an account on GitHub.
可以使用此 API ( volkamerlab.github.io)自动化并处理大量数据。但是尝试API接口之后只能获取到一些静态的信息,像下图中的信息是通过动态加载得到的,API接口无法得到,只好进行爬虫了。 添加图片注释,不超过 140 字(可选)以下是具体实现的Python代码。以下代码读取csv文件中的CID后到对应的PubChem网页中检查是否有“...
Python OntoJog ontologypubchemcurationbioassay UpdatedNov 16, 2022 Java Tools for exploring Pubchem databases pythonmongodbpubchem UpdatedApr 9, 2023 Python omnaest/PubChem4J Sponsor Star1 REST API client for the pubchem api javarestpubchem ...