windows平台本地化blast2.8.0(构建NR本地数据库,批量生成pssm打分矩阵),程序员大本营,技术文章内容聚合第一站。
运行结束得到0.pssm文件,文件内容如下: 这里我们需要的PSSM矩阵就为L*20(L为所使用的fasta序列的长度,20个氨基酸),如下所示: 这就是一个fasta序列的位置特异性矩阵(PSSM)的获得。 注意:该指令是一个fasta序列的pssm矩阵,如果批量获取,编写程序,让其批量运行并保存即可。 前期所有fasta序列的处理:https://www.c...
PSSM矩阵的生成(ncbi-blast-2.9.0±;win64)参考链接:https://blog.csdn.net/sxz940613/article/details.../,选择适合自己电脑的。我下载的是ncbi-blast-2.9.0±;win64.exe 2.安装及环境变量的配置下载完成后运行ncbi-blast-2.9.0± windows平台本地化blast2.8.0(构建NR本地数据库,批量生成pssm打分矩阵) ...
由于获取位置特异性矩阵需要使用psiblast -db swissprot -query 0.txt -evalue 0.001 -num_iterations 3 -out_ascii_pssm 0.pssm命令获取,然而该命令只对一个序列比对,如果把大量蛋白质序列输入,其结果会不断更新,最后得到最后那个序列的位置特异性矩阵,所以,需要对于蛋白质序列进行分割成多个文件 代码如下:(这里每...
每个文件都包含相应序列的PSSM矩阵+一些其他信息。你可以使用下面的代码来提取序列和PSSM矩阵，并将其作为...
1.It combined support vector machines(SVMs) and evolutionary information of amino acid sequences in the form of position-specific scoring matrix(PSSM) by PSI-BLAST.提出一种使用PSI-BLAST得到的位置特异性打分矩阵中蕴含的进化信息作为酶蛋白的特征表示,结合支持向量机方法对酶蛋白的亚家族类别进行预测的方法...
现在想先用f[x]=1/1+exp(-x)做正规化，再用滑动窗口法为每个残基提取w*20维特征向量，当残基在序列两端时用0补齐。
很多人用blastpgp能得到这个pssm的打分举证，但是我在ncbi上下载本地版的blast安装后，在bin文件夹里面没...
怎么计算蛋白质短序列的PSSM矩阵啊，在blast中计算总出错。最好能有告知在线计算pssm矩阵也行。急！急！
蛋白质序列转为pssm矩阵后，如何用weka进行模型训练和识别？请问如何生成PSSM矩阵呀？