报错 Useof uninitializedvalueindivision(/)at/zfssz3/NASCT_BACKUP/MS_PMO2017/lijia1/ifs1/bin/PSMC_pipe/PSMC_kit/psmc/utils/psmc_plot.pl line119,<>line233209.Illegaldivision by zero at/zfssz3/NASCT_BACKUP/MS_PMO2017/lijia1/ifs1/bin/PSMC_pipe/PSMC_kit/psmc/utils/psmc_plot.pl line119,...
因为PSMC的原理是要考虑全基因组片段的,只看SNPs肯定有问题。 psmc_plot.pl -u -g 参数:-u 的说明是 absolute mutation rate per nucleotide [2.5e-08] 注意,这里填的是per generation per site的mutation,不是per year per site 的mutation,否则会导致PSMC曲线平移一个数量级。
../psmc-master/utils/psmc2history.pl output.psmc |../psmc-master/utils/history2ms.pl > output.ms-cmd.sh ##9 作图 perl ../psmc-master/utils/psmc_plot.pl -u 2e-09 -g 1 out_plot output.psmc #-u 物种碱基替换速率 #-g 生活史中的世代时间,比如人设为为25,一年生草本设置为1,世代设置...