PSMC(Pairwise Sequentially Markovian Coalescent)是一种用于推断种群历史的方法,特别是用于推断物种或族群的过去人口大小和演化历史。该方法基于一种称为“序列标记可变联合收缩”的模型,允许推断过去的种群动态。PSMC 最初是为单个个体的单样本设计的,但后来也发展出了多样本模式,允许使用多个个体的数据来推断种群历史...
如何进行PSMC分析? 1 软件准备 bwa samtools bcftools picard psmc 2 数据准备 二倍体物种(该分析是结合杂合度来分析的)!! Ref_genome.fa: 组装好的核基因参考序列(个体A); A1_R1.fa.gz,A1_R2.fa.gz: 二代重测序clean_reads(个体B)【注:必须两个个体A与B】 3 PSMC分析 代码语言:javascript 代码运行...
-p : 64个时间间隔,在计算时需要估计28个参数,将64个时间间隔划分一下,第一个划分了4个时间间隔,在这四个时间间隔估计1个Ne的参数;25*2划分了25组2个时间间隔,每两个时间间隔估计一个和Ne有关的参数。 3 画图 生成psmc文件之后开始画图 perl utils/psmc_plot.pl -u 2e-09 -g 1 -p sample_plot sam...
PSMC分析建议截图说明问题吧老师，您看下边图片是我一个个体的结果，我在想怎么改动一下横坐标的时间？
利用人类基因组进行群体遗传PSMC分析求助老师好，我买了群体遗传的课程想用人的基因组进行PSMC分析，我的...
将会生成一个.eps文件,用AI或PS打开即可。 参考来源: PSMC软件分析群体历史有效群体大小步骤 https://blog.csdn.net/zaprily/article/details/108764219 PSMC分析流程 http://www.wuchangsong.com/?p=555 mpileup命令简介 https://blog.csdn.net/u013553061/article/details/53293302...
之前的推送中简单介绍了有效群体大小的概念,分析某个种群的历史有效群体大小的方法很多,我们这里先介绍一种目前应用最广泛的一种方法——PSMC分析。 分析结果图形解读 PSMC全称是成对序列马可夫共祖分析(pairwise sequentially Markovian coalescent),是二代测序算法界的大神李恒在2011年发表的一种的推测物种进化历史上有...
软件的安装参考https://github.com/lh3/psmc 输入文件(Fig 3): 1、重测序数据比对到参考基因组的bam文件 2、参考基因组 第一步 生成二倍体一致性序列(Fig 4) Fig 4 需要注意两个参数: -d 指定最小深度,作者建议设置成平均深度的三分之一。
图3 非洲稻历史有效群体大小估计。图A, PSMC、MSMC分析非洲栽培稻(O. glaberrima)的历史有效群体大小;图B,PSMC分析非洲栽培稻和野生稻(O. barthii)的有效群体大小;图C,SMC++分析非洲栽培稻的有效群体大小。 从图3B中,我们可以看到在1万多年前,栽培稻和野生稻群体Ne都开始下降。这个时期人类也开始进行非洲稻的...
未调整EBIT复合年均增长率(7年) 加载出错 加载页面时好像出了点问题. 我们的团队已经注意到了,但如果问题仍然存在,请使用电子邮件支持小工具联系我们。