Profile—profile比对方法用于发现远距离同源模板
从而得出如下结论:本文的profile-profile比对方法可以用于为序列相似性较低的待预测序列搜索远距离同源模板,并用于指导后续的三级结构预测。关键词:profile-profile比对,结构预测,远距离同源模板,PSI-BLAST 中图分类号:Q343.1+5文献标识码:A文章编号:1672-5565(2013)-01-016-06 Profile-profilealignmentmethodfor...
基于模板的模建方法是蛋白质结构预测领域中最为准确有效的方法,该类方法的成功与否对模板质量的要求较高.为待预测序列找寻合适的模板,本文提出了一种profile-profile比对的方法将查询序列同模板库中的已知结构蛋白进行比对,然后根据比对结果的Z-score得分高低顺序挑选出合适的模板.结果表明:本文的profile-profile比对方法...
本文提出了一种profile-profile比对的方法将查询序列同模板库中的已知结构蛋白进行比对,然后根据比对结果的Z-score得分高低顺序挑选出合适的模板.结果表明:本文的profile-profile比对方法在测试集上的性能明显优于PSI-BLAST,相比PSI-BLAST在测试集上的准确度提高了约14.3%,配对...
生物序列比对算法第十三讲第一部分-profile HMM 发射概率确定的几个视角 智能生物计算 378 0 生物序列比对算法第一讲 智能生物计算 1503 2 生物序列比对算法第十二讲第二部分- profile HMM的简单参数估计和序列搜索比对应用 智能生物计算 282 0 生物序列比对算法第十四讲第一部分-给定目标序列的profile HMM 从头...
想要预测蛋白质结构,然后用同源建模的方法,我的蛋白序列blast找到的模版相似性在25～50间,因此想要通过生成序列profile的方法来比对targ…显示全部 关注者2 被浏览97 关注问题写回答 邀请回答 好问题 添加评论 分享 暂时还没有回答,开始写第一个回答 下载知乎客户端 与世界分享知识、...
今天还是给大家规(wu)规(liao)矩(tou)矩(ding)讲一下比对文件怎样画profile和heatmap图。 这主要是针对于chip-seq数据分析的,但是针对全基因组测序数据呢,也可以说明一定的问题。 【直播】我的基因组 35:bam格式转化为bw格式看测序深度分布 我这里会采用deeptools这个软件来探究测序数据关于各种genomic feature的pro...
Construct a Profile HMM# multiple sequence alignment data = '''B-ABC-CDD BDDCEEE-D BCCA-A-DD -DBEDAADD B-DCCDEDE'''.split() msa=[] for n in data: msa.append("^" + n +…
GSG可以生产制造全系列的牙型比对模板,可以非标制作,欢迎前来咨询。 WILL CHECK THE FOLLOWING CONNECTIONS THREAD FORM -API REG: 2-3/8” thru 4-1/2” -API FULL HOLE: 3-1/2”, 4-1/2” V.040 5TPI 3TPF -API REGULAR: 6-5/8”
在一个人们甚至连阅读都不屑于提及已经被声像和光纤所迷离所浸淫并美其名曰信息时代的今天,裴平星专著出一本《如何写调查报告》的实用文体书,实在让人讶异;之所以这样说,是因为在现代人的理念里,传统文字的阅读与电子文本的浏览已经形成一种思维的断层或者说认识的割裂。许多人更愿意花费数千元去触摸小小的屏幕来获...