最好指定下载目录,prefetch默认下载在home/user/ncbi/public/sra中(会自动新建),home目录空间太小,不建议。 #单个sraprefetch SRR8956151 -O ./# 批量prefetch --option-fileSRR_Acc_List.txt -O ./ SRR_Acc_List.txt文件的寻找也比较麻烦: prefetch会自动调用aspera的ascp。 下载的速度还是很快的,一个文件一...
prefetch命令下载一个SRA文件: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 prefetch SRR6232298 结果如下: 注意:如果安装了Aspera,prefetch会优先用ascp协议下载 2018-10-16T01:43:06 prefetch.2.9.2: Downloading via fasp... 而SRA文件会默认下载在~/ncbi/public/sra 目录下 prefetch命令下载多个SRA文...
prefetch会自动调用aspera的ascp。 下载的速度还是很快的,一个文件一分钟左右: 虽然prefetch会自动调用ascp,但由于网速等原因,有时也会出现timeout,特别是大文件下载,出现类似process failed while waiting process - ascp failed with 1的错误,这时最好是指定ascp: prefetch -t ascp -a "/home/user...
ascp-QT-l 300m-P33001\-i~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \ era-fasp@$id. 也是数据量太小了 ,根本就体现不出来我们的服务器的网络优势,唉,高手寂寞啊! 测试了另外的数据集,发现速度是接近200Mb/s,一般般啦!
prefetch--ascp-path<path_to_ascp> -ascp-options 此参数用于指定使用ASCP下载时的附加选项。 使用示例: prefetch--ascp-options"<options>" -use-ftp 此参数用于强制使用FTP下载测序数据。 使用示例: prefetch--use-ftp<accession_number> -https 此参数用于下载测序数据时使用HTTPS协议。 使用示例: prefetch--ht...
但是用prefetch SRRxxx 没有自动调用，还是通过https下载，而且比网上看到的很多都要慢。更多数据下载方法...
更新:使用方式:个人直接使用一下命令进行下载 #还有个改进方式是 制定文件下载的位置,否则默认在~/ncbi 文件夹里面 prefetch --ascp-path "/home/HWP/.aspera/connect/bin/ascp|/home/HWP/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh" --option-file SRR_Acc_List2.txt ...
prefetch会自动调用aspera的ascp。 image.png 下载的速度还是很快的,一个文件一分钟左右: image.png 虽然prefetch会自动调用ascp,但由于网速等原因,有时也会出现timeout,特别是大文件下载,出现类似process failed while waiting process - ascp failed with 1的错误,这时最好是指定ascp: ...
ascp -QT -l 300m -P33001 \-i ~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \era-fasp@$id . 也是数据量太小了 ,根本就体现不出来我们的服务器的网络优势,唉,高手寂寞啊! 测试了另外的数据集,发现速度是接近200Mb/s,一般般啦! 那么重点来了,哪里可以买到这样的ngs数据处理服务器呢?
prefetch会自动调用aspera的ascp。 下载的速度还是很快的,一个文件一分钟左右: 虽然prefetch会自动调用ascp,但由于网速等原因,有时也会出现timeout,特别是大文件下载,出现类似process failed while waiting process - ascp failed with 1的错误,这时最好是指定ascp: ...