prefetch下载sra如果是conda下载,需要激活相应conda环境conda activate env_name;如果是直接安装,直接使用 命令行输入prefetch SRRxxxxxx或者prefetch SRPxxxxx即可下载,下载数据在上面配置路径下的sra目录。如果想下载到指定文件夹prefetch_dir,下载命令为:prefetch SRRxxxxxx -O
002、准备下载sra号的列表 [root@pc1 test02]# ls download.list [root@pc1 test02]# cat download.list## 准备下载列表SRR3156163 SRR3157034 SRR3156160 003、设置下载存储目录 export HOME=/home/test02## 修改了默认的家目录,因为默认下载在家目录 004、下载命令 [root@pc1 test02]#/home/software02/sr...
下载链接 | current-centos_linux64 prefetch 说明文档[Zyh@bogon tools]$ wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz [Zyh@bogon tools]$ tar -zxvf sr…
一、下载SRA序列文件 下载SRA序列文件的多种方法请参考应用sra-tools/SRA Toolkit下载NCBI序列数据。本文...
https网络安全go数据库sql 做生物信息的过程中,除了可以分析自己研究的测序数据,也可以分析公开的测序数据。目前已经累积了大量的测序数据可供下载分析。目前测序数据主要发表在 NCBI,EBI,CNDB,DDBJ 等几大站点。 生信喵实验柴 2021/12/21 8320 下载NCBI SRA数据的最佳方法 https网络安全linux数据库sql 高通量的原始...
2021-2-3-利用anaconda+prefetch+aspera从NCBI的SRA数据库中下载原始测序数据,记录下下载过程,为自己和后人避坑。1.Conda连接不上镜像源问题首先是anaconda安装软件或创建环境时遇到的问题。即使换完清华源和其他镜像源以后依旧报错。CondaHTTPError:HTTP000CONNECTIONFAI
如果你的服务器在中国大陆,基本上就放弃prefetch啦,直接aspera即可。但是如果是在海外,就可以尝试比较prefetch和aspera下载速度。 需要注意的是:什么,SRA测序数据要收费了,同样的,需要熟悉GEO和SRA数据库编号规则: 解读GEO数据存放规律及下载,一文就够 解读SRA数据库规律一文就够 ...
但是用prefetch SRRxxx 没有自动调用，还是通过https下载，而且比网上看到的很多都要慢。更多数据下载方法...
最近下载一篇文章的数据,发现3个数据,就有3种结果: $cat logs/down.log.4 $cat need.sra.list |while read id;do ( ~/biosoft/sratoolkit/sratoolkit.2.9.2-centos_linux64/bin/prefetch $id -O ./ );done 2019-10-03T02:25:45 prefetch.2.9.2: 1) Downloading 'SRR5908780'... ...
使用以下命令下载指定测序数据: prefetch<accession_number> 查看测序数据信息 使用以下命令查看指定测序数据的信息: prefetch-p<accession_number> 获取测序数据的质量分数信息 使用以下命令获取指定测序数据的质量分数信息: prefetch-X<accession_number> 强制使用FTP下载测序数据 使用以下命令强制使用FTP下载指定测序数据: ...