药物设计 学第四基于受体的药物设计方法之一--分子对接 (Molecular Docking) ;思考题;基于受体结构的药物设计——直接法;全新药物设计的基本流程;;所谓分子对接主要研究分子间(即配体和受体)相互作用,预测并计算结合模式和亲和力的一种理论模拟方法。分子对接就是受体和底物之间通过能量匹配和几何匹配而互相识别的过程。
on surrounding atoms * Consensus Scoring and Others Too many scoring functions, none prevails in terms of predictivity Combined approach: one scoring function to sample configuration space, the other(s) to optimize and/or score: 2 docking methods 13 scoring functions to significantly reduces false ...
We explored the interaction between PPTI and ShaKv1.1 potassium channel by successive application of protein-protein docking and molecular dynamic simulation. The analysis of the complexes revealed that the Lys5 residue of PPTI plugged its side chain into the channel selectivity filter. Molecular ...
(MD)分子动力学Energyminimization能量最小化Flexible-ProteinDocking柔性蛋白对接Moleculardynamics(MD)分子模拟MonteCarlo(MC)蒙特卡罗Rotamerlibraries旋转异构体库Protein-ensemblegrids蛋白集合栅格Soft-receptormodeling软受体建模表1:常用的分子对接方法10.3分子对接软件表2:有代表性的分子对接软件名称优化方法评价函数速度DOCK...
蛋白质间分子动力学模拟及数据分析PPT课件 蛋白质间分子动力学模拟及数据分析 精选PPT课件 1 蛋白质的结构和对接 在进行模拟之前，我们首先要获得的是蛋白的结合配体后的复合物结构，蛋白和配体复合物如果已经被测出来那是最好不过的了，但是如果没有，就需要我们用软件将蛋白质与其配体进行对接。蛋白质间的对接常用...
DrugVirtualScreeningMethodologiesandApplications李洪林DDDC药物发现与设计系列讲座2020/12/191Topicstobediscussed……..ReviewofMolecularDockingandScoringFunctionsGAsDOCKDOCK4.0GOLDGlideAutoDockTarFisDockFuturereadingandprospect2020/12/1921.1研究背景及意义:我国目前医药工业生产的药品大约97%是仿制外国的品种;自己创新的新药...
1 Chapter1绪论 Introduction 教学要求 概念：剂型、制剂、药剂学、调剂学、方剂 药典概念和特点 处方的概念和类型 剂型的重要性及分类 药剂学的任务和发展 药剂学的分支 2020/9/17 2 第一节药剂学的概念与任务 药物临床使用适于医疗、预防应用的形式－－－药物剂型（剂型）2020/9/17 3 一、药剂学相关概念 研究...
(MD)分子动力学Energy minimization 能量最小化Flexible-Protein Docking柔性蛋白对接Molecular dynamics(MD)分子模拟Monte Carlo(MC)蒙特卡罗Rotamer librarie 14、s 旋转异构体库Protein-ensemble grids 蛋白集合栅格Soft-receptor modeling 软受体建模表1:常用的分子对接方法 10.3 分子对接软件分子对接软件表2:有代表性的...
Triptolide inhibits B7-H1 expression on proinflammatory factor activated renal tubular epithelial cells by decreasing NF–?B transcription. Molecular Immunology 2005;1446-57. Chen Y, Zhang J, Li J, Zhao T, Zou L, Tang Y, Zhang X, Wu Y* Expression of B7-H1 in Inflammatory Renal Tubular ...
3、vina_1_1_2_win32,AutoDock Vina: open-source drug discovery, molecular docking virtual screening multi-core capability, high performance and enhanced accuracy and ease of use designed and implemented by Dr. Oleg Trott in the Molecular Graphics Lab at The Scripps Research Institute.,http:/vina...