DPI的全称是“Dots Per Inch”,PPI的全称是“Pixels Per Inch”,它们的意思看起来很清楚,但又不是很能区分,还是看别人怎么回答吧。 DPI和PPI的区别是什么? DPI(dots per inch)和 PPI(pixels per inch)这两个措辞的差别,表面上看来只在于是在谈「dot」还是「pixel」。 但实际上dot可以指半调印刷的墨点,可...
上述的网络我们就称之为蛋白质相互作用网络,protein-protein interaction network, 即PPI网络。要看懂上面这张图,需要理解以下两个方面 1. 节点(node) 图中每个节点表示一个蛋白,由于真核生物的可变剪切和转录后修饰,1个蛋白编码基因可能会产生多个蛋白,这里将由同一个基因产生的不同isoform进行了合并,在节点上标记...
MCODE全称molecular complex detection, 是最广泛使用的挖掘蛋白复合体的算法之一,在cytoscape 软件中提供了一个MCODE插件,可以方便的对网络进行聚类。 cytoscape 是一个功能强大的网络可视化软件,除了基本的可视化之外,通过各种插件,还可以轻松的实现各种数据分析,插件的下载地址:http://apps.cytoscape.org/ 打开Cytoscape软...
MCODE全称molecular complex detection, 是最广泛使用的挖掘蛋白复合体的算法之一,在cytoscape 软件中提供了一个MCODE插件,可以方便的对网络进行聚类。 cytoscape 是一个功能强大的网络可视化软件,除了基本的可视化之外,通过各种插件,还可以轻松的实现各种数据分析,插件的下载地址如下 http://apps.cy...
上述的网络我们就称之为蛋白质相互作用网络,protein-protein interaction network, 即PPI网络。要看懂上面这张图,需要理解以下两个方面 1. 7.2K41 pt、px、dp、dpi、ppi单位换算解析 印刷与IOS、android开发 1.2K20 Briefings in Bioinformatics | 用于PPI抑制剂设计的深度分子生成模型 ...
PPI网络图绘制:➀选取部分节点展示 ➁Analyse Network ➂node节点与edge连线的调整 ➃layout排布调整 ➄图像导出 4. Apps的使用:待更新...顺接上节RNA-seq入门实战(九):PPI蛋白互作网络的构建——STRING数据库的使用,在得到目的基因的蛋白互作关系数据后,可以将数据导入Cytoscape软件进行个性化的可视化操作,本...
图10 校准与去嵌1 (3 )点击3A 通道的deEmbedding ,进入去嵌操作界面,并点击Create a New Network 。 图11 校准与去嵌2 图12 校准与去嵌3 点击Channel 进入设置 图13 校准与去嵌4 首先在Measurement Circuit 中设置: 在Circuit Block Type 中选择File 在S-Parameter File Setting 中点击Browse 选择测试出来的DC...
截取前两列,然后另存为一个文件,通常叫做edge.txt。这个文件可以直接导入cytsocape软件,通过File->Import->Network->File, 将该文件导入,导入之后,通过Apps->MCODE, 启动MCODE插件,在控制面板,可以看到下图 选择默认参数,对整个网络继续聚类,在右侧的结果面板可以看到如下所示的结果 ...
截取前两列,然后另存为一个文件,通常叫做edge.txt。这个文件可以直接导入cytsocape软件,通过File->Import->Network->File, 将该文件导入,导入之后,通过Apps->MCODE, 启动MCODE插件,在控制面板,可以看到下图 选择默认参数,对整个网络继续聚类,在右侧的结果面板可以看到如下所示的结果 ...