2.1 GPX3在不同脑细胞中的表达分析 为研究GPX3在不同脑细胞类型中的表达模式,利用Human Protein Atlas数据库,分析GPX3在不同脑细胞类型中的转录表达水平(S 图 4)。 S图 4 2.2 GPX3在不同脑区的表达分析 为探索GPX3在不同脑区的表达差异,基于Morabito等人2020年的研究数据,分析不同脑区GPX3转录本水平的测...
注意,后续所有的分析均在jupyter中实现。 #在jupyter中输入importscdrsimportscanpyasscsc.set_figure_params(dpi=125)fromanndataimportAnnDatafromscipyimportstatsimportpandasaspdimportnumpyasnpimportseabornassnsimportmatplotlib.pyplotaspltimportosimportwarningswarnings.filterwarnings("ignore") 3.5 使用 MAGMA 计算疾病在...
1560 -- 11:15 App 大闸蟹2024年开篇新GWAS-POST分析新蓝海 6690 -- 8:17 App 孟德尔随机化组学教程(免费) 1318 -- 26:59 App 新GWAS-POST分析课程--开篇课程简介 1432 6 1:44 App 免费获取最新 R11 芬兰数据库 1702 -- 6:07 App 孟德尔随机化真的完了?(一) 790 -- 10:18 App 全网最...
2、通过scDRS分析可以得到什么 第一、鉴定表型相关的细胞类型,比如下图: image 第二、发现疾病的subpopulations: image 3、scDRS安装与运行 3.1 下载、安装 #下载安装jupyter pip3 install jupyter #下载安装scDRS git clone https://github.com/martinjzhang/scDRS.git cd scDRS git checkout -b v102 v1.0...
1、eQTL、mQTL共定位分析的作用 eQTL、mQTL共定位分析属于Post-GWAS的一项重要工作,旨在GWAS结果的基础上鉴定与表型相关的eQTL和mQTL位点。 传统的GWAS是将全基因组范围内的常见变异进行关联分析,鉴定与表型相关的基因座,但鉴定出来的位点大多数位于基因间隔区,其如何通过基因或者通路影响表型很难被阐述。
打开jupyter后,我们转战到jupyter中工作。注意,后续所有的分析均在jupyter中实现。 #在jupyter中输入importscdrsimportscanpyassc sc.set_figure_params(dpi=125)fromanndataimportAnnDatafromscipyimportstatsimportpandasaspdimportnumpyasnpimportseabornassnsimportmatplotlib.pyplotaspltimportosimportwarnings ...
1、eQTL、mQTL共定位分析的作用 eQTL、mQTL共定位分析属于Post-GWAS的一项重要工作,旨在GWAS结果的基础上鉴定与表型相关的eQTL和mQTL位点。 传统的GWAS是将全基因组范围内的常见变异进行关联分析,鉴定与表型相关的基因座,但鉴定出来的位点大多数位于基因间隔区,其如何通
随着大规模平行测序技术的广泛应用,对数据分析和解读方法的完善是一个迫切需要解决的问题。生物信息学方法、人工智能等新技术的引入,将为大规模平行测序数据的挖掘和解读提供更多可能。 五、结语 大规模平行测序技术在post-GWAS中发挥着越来越重要的作用。通过对遗传变异的全面检测和分析,大规模平行测序有望为疾病的预防...
post-GWAS:使⽤coloc进⾏共定位分析(Colocalization)GWAS找到显著信号位点后,需要解释显著信号位点如何影响表型。常见的⼀个解释⽅法是共定位分析。主流的共定位分析包括:1)GWAS和eQTL共定位;2)GWAS和sQTL共定位;3)GWAS和meQTL共定位;4)GWAS和pQTL共定位;其中,GWAS和eQTL共定位应⽤最为⼴泛。
2019-12-24 10:09 − Smart Chinese Analysis插件将Lucene的Smart Chinese分析模块集成到Elasticsearch中,用于分析中文或中英文混合文本。 支持的分析器在大型训练语料库上使用基于隐马尔可夫(Markov)模型的概率知识来查找简体中文文本的最佳分词。 它使用的策略是首先将输入... 哈喽哈喽111111 0 1746 Linsheng...