Sander仍然可以用于在CPU上运行MD production运行,但速度会慢得多。pmemd.CUDA可执行文件提供了使用 NVIDIA GPU 的能力,从而大大减少了运行显式和隐式溶剂模拟所需的时间。以前,Sander是主要引擎,但 pmemd 在串行和并行使用 GPU 方面有一些性能改进。pmemd 的功能支持粒子网格 Ewald 模拟(PMEMD)、广义玻恩模拟、各向...
在tleap准备好*.prmtop文件和*.inpcrd文件之后，输入命令为:export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0 pmemd....
当使用sander.MPI执行相同的输入文件时，该体系表现稳定并无异常。然而，一旦改用pmemd.cuda进行模拟，无...
pmemd作为AMBER的主要MD引擎，利用CUDA提供GPU加速，显著缩短了模拟时间。本文介绍了所需文件，如拓扑文件（RAMP1.prmtop）、平衡坐标文件（RAMP1_equil.rst7）和md.in输入文件，以及关键参数设置，如nstlim、ntpr等，指导用户进行MD生产运行。在生产运行中，准备工作包括构建并平衡系统，然后使用LEAP生成的...
当我输入这条指令：pmemd.cuda -O -i 01_min.in -o 01_min.out -p nanobody_solv.prmtop -c ...
很大可能是密度变化过大，可以先用pmemd.MPI跑50000步平衡之后再转用pmemd.cuda。我试过，成功了，谢谢...
运行amber的时候，出现这样的错误，这是为啥呢，谢谢 （pmemd.cuda）| CUDA_VISIBLE_DEVICES: 0 |...
谢谢，的确是这个教程。只能用pmemd CPU计算，手册里明确写了Pmemd.cuda不支持计算TI。看来也只能慢慢跑...
老师，您好：我在用amber软件跑一个体系，大约27万个原子。我用GPU跑的指令是pmemd.cuda -O -i prod...