$ plumed sum_hills --hills HILLS 其中HILLS是储存高斯势的文件 想要观察到自由能面逐渐被填满的过程，可以在sum_hills的命令中添加--stride指令，分别输出高斯势沉积的过程中阶段性的高斯势，用于判断收敛的情况 $ plumed sum_hills --hills HILLS --stride 100 (需要注意的是这里的100指的是100次的沉积，与p...
所有高斯函数的信息输出到一个名为HILLS的文件中,用于重启计算以及重构势能面(关于该集体变量CV的势能面)。自由能可以通过该元动力学计算进行偏置,因为 后处理过程中,自由能可以通过sum_hills指令计算。 METAD方法需要存储每一个之前添加的势函数,因此随着模拟时间的增加,计算量会越来越大。为了避免这种情况,我们可以...
$ plumed sum_hills --hills HILLS 其中HILLS是储存高斯势的文件 想要观察到自由能面逐渐被填满的过程,可以在sum_hills的命令中添加--stride指令,分别输出高斯势沉积的过程中阶段性的高斯势,用于判断收敛的情况 $ plumed sum_hills --hills HILLS --stride 100 (需要注意的是这里的100指的是100次的沉积,与plume...
我用gromacs2023.3结合plumed2.8做元动力学的二维采样，跑了30ps测试之后想用sum_hills提取自由能，（...
$ plumed sum_hills --hills HILLS 其中HILLS是储存高斯势的文件 想要观察到自由能面逐渐被填满的过程,可以在sum_hills的命令中添加--stride指令,分别输出高斯势沉积的过程中阶段性的高斯势,用于判断收敛的情况 $ plumed sum_hills --hills HILLS --stride 100 ...
命令行工具集成：简化了 Plumed 命令行的调用，对常见操作（如 driver、sum_hills 等）提供了便利入口，...
$ plumed sum_hills --hills HILLS 其中HILLS是储存高斯势的文件 想要观察到自由能面逐渐被填满的过程,可以在sum_hills的命令中添加--stride指令,分别输出高斯势沉积的过程中阶段性的高斯势,用于判断收敛的情况 $ plumed sum_hills --hills HILLS --stride 100 ...
run lj code plumed sum_hills : sum the hills with plumed plumed patch : patch an MD engine plumed vim2html : convert plumed input file to colored html using vim syntax plumed selector : create lists of serial atom numbers plumed config : inquire plumed about how it was configure plumed ...
plumed sum_hills : sum the hills with plumed plumed patch : patch an MD engine plumed vim2html : convert plumed input file to colored html usingvimsyntax plumed selector : create lists of serial atom numbers plumed config : inquire plumed about how it was configure ...
自由能面预估：利用PLUMED的sum_hills功能预估自由能面，观察自由能面逐渐填满的过程。收敛判断：使用–stride指令在高斯势沉积过程中输出阶段性的高斯势，判断收敛情况。使用两个CCl键长作为CV的演示：设置调整：在plumed.input中改变设置，以适应两个键长作为CV。结果展示：两个键长在开始时各自振荡，...