1、PLUMED安装包(根据你所用的MD engine,PLUMED有的版本不能patch你所用的MD engine。比如!PLUMED2.6.0是最新版,但是不支持Lammps。PLUMED2.4.7反而可以!!具体的去PLUMED官网看看); 2、BLAS和LAPACK库,直接去百度下载吧,我下面也会放链接。 3、已安装好的LAMMPS。 下载路径: PLUMED资源包 How to get PLUMED...
方法/步骤 1 本文的安装平台为Ubuntu，不同平台操作类似。由于需要保证Lammps和Plumed使用同一个编译器编译，首先要指定编译器。 首先在命令窗口指定编译器路径 export PATH=$PATH: /MPICH的bin文件夹路径/。然后通过which mpic++查看是否能正确访问到自己的目标编译器。2 在Plumed的root文件夹下执行 ./configure ...
直接在这个plumed-2.7.1(注意对应自己安装的版本)目录下执行如下的指令进行安装: $ ./configure --prefix=/usr/local $ make -j 4 $ sudo make install 安装验证 安装完成后,可以在命令行中直接使用plumed指令,可以用如下帮助指令,确认软件是否被安装成功: (base) dechin@ubuntu2004:~/projects/gitlab/dechi...
安装时.config执行时,可能与目录下的anaconda等软件冲突,需要先将这些软件路径移出path,安装后再加入path。 第三步,进入lammps文件夹,执行命令 cdsrc make lib-plumedargs="-b"make yes-plumed make mpi 安装完毕。至此可以通过LAMMPS的fix plumed命令直接调用plumed package。
你正常情况下在一个计算节点上跑未安装MPI、且未配合plumed的gromacs，需要在脚本里面加上“srun -n 64...
cp2k_toolchain.sh --with-sirius=no --with-openmpi=install --with-plumed=install时候，安装plumed...
1. toolchain安装各种库文件 代码语言:javascript 复制 cd $your-cp2k-folder/tools/toolchain./install_cp2k_toolchain.sh--with-plumed=system 采用toolchain来安装编译CP2K所需的各种库文件是最简单省事的,还可以根据自己的需求安装各种插件(如PLUMED),强烈推荐!!!
macports-packages-gromacs-plumed安装包是阿里云官方提供的开源镜像免费下载服务,每天下载量过亿,阿里巴巴开源镜像站为包含macports-packages-gromacs-plumed安装包的几百个操作系统镜像和依赖包镜像进行免费CDN加速,更新频率高、稳定安全。
直接在这个plumed-2.7.1(注意对应自己安装的版本)目录下执行如下的指令进行安装: 代码语言:javascript 复制 $ ./configure --prefix=/usr/local $ make -j 4 $ sudo make install 安装验证 安装完成后,可以在命令行中直接使用plumed指令,可以用如下帮助指令,确认软件是否被安装成功: 代码语言:javascript 复制 (ba...
因此就需要使用到增强抽样的方法,对于高简并度的状态,我们降低其被采样的概率,而对于低简并度的状态,我们提升其被采到的概率。常见的方法有:Meta Dynamics、VES和ITS等。这里我们探索一下分子动力学模拟软件PLUMED的安装,该软件已经集成了很大一部分的CV和增强采样的方法。