2.负荷图(Loading Plot): 负荷图展示了原始变量(如代谢物、基因表达等)对PLS-DA成分的贡献。每个点代表一个变量,其位置表示该变量在区分不同组别中的重要性。靠近图中心的变量对区分类别的贡献较小,而远离中心的变量则更为重要 3.VIP分数图(VIP Scores Plot): ...
VIP(Variable important inprojection)是模型变量的变量权重值。通常认为VIP>1表示重要,VIP<1不太重要。提供设置VIP阈值自定义。所有物质的VIP值以及高于VIP阈值的物质都会生成结果表格,分别存储在“vip_all.xls”和“vip_select.xls”中。 结果文件:VIP值 可视化:根据建模结果,绘制图形。可用于对模型的评价,以及后续...
横坐标表示OSC过程中的主要成分的得分值( Tp ) , 所以从横坐标的方向可以看到组间的差异;纵坐标表示OSC过程中的正交成分的得分值(TO) ,所以从纵坐标上看出组内的差异(组内样本间的差异)。 S-plot 图的横坐标表示主成份与代谢物的协相关系数,纵坐标表示主成份与代谢物的相关系数。 S-plot 图一般用来挑选与O...
2.负荷图（Loading Plot）：负荷图展示了原始变量（如代谢物、基因表达等）对PLS-DA成分的贡献。每个点代表一个变量，其位置表示该变量在区分不同组别中的重要性。靠近图中心的变量对区分类别的贡献较小，而远离中心的变量则更为重要 3.VIP分数图（VIP Scores Plot）：VIP（变量重要性在投影中）分数...
1 Scores plot of PCA(a) and PLS-DA (b)2.2 重要理化成分分析结合 PCA 载荷图( Loadings plot )和 PLS-DA 变量重要性因子(Variable important for the projection,VIP)分布图分析,找出对 晒青毛茶级别分类重要的理化成分。PCA 载 荷图(图 3)表明理化成分的分布情况,其分 布情况与 PCA 得分图(图 1-a)...
S-plot图的横坐标表示主成分与代谢物的协相关系数,纵坐标表示主成分与代谢物的相关系数。S-plot图一般用来挑选与OSC过程中主要成分的相关性比较强的代谢物,从另一方面同时也可以挑选与Y相关性强的代谢物。越靠近两个角的代谢物重要度越强。红色的点表明这些代谢物的VIP值大于等于1,绿色的点表示这些代谢物的VIP值...
不同于PCA是用来看整体的变化趋势,而PLS-DA则是用来筛选不同组之间的差异代谢物,利用这个分析方法,我们可以得到需要重点关注的代谢物,这些代谢物是引起不同处理或者不同组之间差异的主要贡献者,在完成PLS-DA分析后,我们会获得分析得到的一个参数,VIP值,变量重要性投影,该值的大小就表明该代谢物对于分离两组之间的...