PLS-DA/OPLS-DA建立了代谢物表达量与分组关系之间的模型,PLS-DA和OPLS-DA可以更好地获取组间差异信息,还可以对样品的分组进行预测,这是PCA做不到的。 图:PLS-DA得分图 如图是50例小鼠的血清样本。在PCA结果中,除了BCG组外,其他四组不能在PCA得分图中很好的区分开。进行了PLS-DA分析后,各组分离的情况有所...
PLS_DA 我在第一次使用的时候用于代谢组数据的区分,样本数量少,并且组件区分不是很明显。后来也就无所谓是什么数据了,作为一种降维方法,运用于什么组学倒是无所谓,只要找到我们需要的差异,也就好了。还记得第一次使用这个R包是17年mixOmics,用于PLS-DA分析等...
MetaboAnalyst 是一个代谢组学数据分析的综合平台。在当前的 MetaboAnalyst (V5.0) 支持原始 MS 光谱处理、综合数据归一化、统计分析、功能分析、荟萃分析以及与其他组学数据的综合分析。
PLS-DA图的解释需要结合实验设计和研究背景。例如，在代谢组学研究中，成分的分离可能与特定生物标志物或代谢途径相关。理解PLS-DA的结果需要结合具体的研究背景和数据特性。在解读结果时，应该注意不仅仅依赖于图形本身，还要结合其他统计分析结果，如模型的预测准确度、交叉验证结果等，以综合判断模型的有效...
例如,在代谢组学研究中,成分的分离可能与特定生物标志物或代谢途径相关。 理解PLS-DA的结果需要结合具体的研究背景和数据特性。在解读结果时,应该注意不仅仅依赖于图形本身,还要结合其他统计分析结果,如模型的预测准确度、交叉验证结果等,以综合判断模型的有效性和可靠性。
主页> 问答中心> 代谢组学FAQ汇总> plsda中R2和Q2截距在多少比较合适? 在偏最小二乘判别分析(PLS-DA)中,R2表示模型对数据的拟合程度,而Q2表示模型的预测能力。理想情况下,R2应该接近1,而Q2也应该是正值,越接近1越好。 在进行交叉验证时,R2和Q2的截距值可以帮助判断模型是否有过拟合的倾向。
不同于PCA是用来看整体的变化趋势,而PLS-DA则是用来筛选不同组之间的差异代谢物,利用这个分析方法,我们可以得到需要重点关注的代谢物,这些代谢物是引起不同处理或者不同组之间差异的主要贡献者,在完成PLS-DA分析后,我们会获得分析得到的一个参数,VIP值,变量重要性投影,该值的大小就表明该代谢物对于分离两组之间的...
视频地址: 临床医生做基础科研——21.组学数据处理之PCA_PLSDA_OPLSDA 听说政治家都是语文狂 粉丝:3文章:2 关注Vip 在许多代谢组学中可使用。分享到: 投诉或建议 评论0 最热 最新 请先登录后发表评论 (・ω・) 发布1 0 5 0 登录后你可以: 免费看高清视频 多端同步播放记录 发表弹幕/评论 热门番剧...
代谢组学 SIMCA处理数据,PCA分析,PLS分析,OPLS分析 技术小白养成记 1.0万11 simca OPLS-DA图表全集合多重验证和数据解析生信和挥发性物质检测必学 99945688764_bili 36:10 代谢组数据分析 筑基中期韩立 77600 06:37 微生信平台-主成分分析(PCA)图绘制教程 ...
偏最小二乘判别分析交叉验证在代谢组学数据分析中的应用 近年来,偏最小二乘判别分析(PLSDA)方法在代谢组学研究中得到了广泛的应用,并成为一种标准的高维数据分析方法[1-2].PLSDA是一个有监督的学习方法,在分析代谢组学数据时... 柯朝甫,武晓岩,侯艳,... - 《中国卫生统计》 被引量: 13发表: 2014年 傅...