PLS-DA或OPLS-DA是一种有监督的判别分析统计方法。该方法运用PLS-DA建立代谢物表达量与样品类别之间的关系模型,来实现对样品类别的预测。分别建立两两分组比较的PLS-DA模型或OPLS-DA模型,模型得到的参数评价会以表格形式提供。其中R^2X和R^2Y分别表示所建模型对X和Y矩阵的解释率,Q2标示模型的预测能力,理论上R^...
通过观察图1，我们可以更直观地了解模型在预测方面的实际效果。SIMCA-P软件用于PLS-DA结果分析，通过观察置换检验结果来判断模型预测效果。◇ ropls工具应用 此外，若采用R包ropls进行PLS-DA分析，将呈现类似上图所示的结果。R包ropls提供的PLS-DA分析结果中，除了展示R2Y及Q2的截距，还会给出pR2Y及pQ2，即R2Y和Q2...
【统计检验】PLS-DA 偏最小二乘判别分析(Partial least squares Discriminant Analysis, PLS-DA)是一种统计学方法,通过投影分别将预测变量和观测变量投影到一个新空间,来寻找一个线性回归模型。通过建立组学数据与样本类别之间的关系模型,实现对样本类别的预测,为有监督的建模方式。 工具界面 接下来看看数据格式吧!需...
最后,我们为每个患者指定一个组别,分别为A、B、C、D、E和F。 进行PLS-DA模型的建立 接下来,我们使用PLS-DA建立模型。建立PLS-DA模型,并将数据集和组别变量作为输入。建立模型后,我们可以查看不同组别分别有哪些指标,以及哪些指标之间存在显著的差异。 从结果中可以看到不同组别分别有哪些指标,以及哪些指标之间存在...
进行PLS-DA模型的建立 接下来,我们使用PLS-DA建立模型。建立PLS-DA模型,并将数据集和组别变量作为输入。建立模型后,我们可以查看不同组别分别有哪些指标,以及哪些指标之间存在显著的差异。 tIndiv(plsda.breast, 从结果中可以看到不同组别分别有哪些指标,以及哪些指标之间存在显著的差异?
ncomp =2) # ncomp是你希望保留的成分数目# 可视化PLS-DA结果# plotIndiv函数用于绘制个体样本的分布,其中包括了样本的分类信息plotIndiv(plsda_result, group = Y, title ='PLS-DA', ellipse = TRUE, legend = TRUE)# 对PLS-DA模型进行性能评估,这次使用正确的参数值'Mfold'plsda.perf<- perf(plsda_res...
进行PLS-DA模型的建立 接下来,我们使用PLS-DA建立模型。建立PLS-DA模型,并将数据集和组别变量作为输入。建立模型后,我们可以查看不同组别分别有哪些指标,以及哪些指标之间存在显著的差异。 tIndiv(plsda.breast, 从结果中可以看到不同组别分别有哪些指标,以及哪些指标之间存在显著的差异?
st(t(plsda.breast$ind.mat)) 从指示变量矩阵的结果来看,a的特征向量和b的特征向量之间存在显著差异,而cdef之间的差异较小 数据2 接下来,我们导入数据2,并进行相似的分析步骤。首先,我们使用read.csv函数将数据2导入。然后,我们建立PLS-DA模型,并使用div函数查看不同组别分别有哪些指标,以及哪些指标之间存在显著...
进行PLS-DA模型的建立 div(plsda.breast, ellipse = TRUE 1. 2. 指示变量矩阵 ist(t(plsda.breast$i 1. 从结果中可以看到不同组别分别有哪些指标,以及哪些指标之间存在显著的差异? 从图中可以看到,分组GHEC之间的差异较小,分组ABDFIJK之间差异较小,这两类间均存在显著差异。
进行PLS-DA模型的建立 div(plsda.breast, ellipse = TRUE 指示变量矩阵 ist(t(plsda.breast$i 从结果中可以看到不同组别分别有哪些指标,以及哪些指标之间存在显著的差异? 从图中可以看到,分组GHEC之间的差异较小,分组ABDFIJK之间差异较小,这两类间均存在显著差异。