其中,R2X和R2Y:分别表示模型对自变量X和因变量Y的解释率;Q2是通过对模型进行交叉验证计算得出的,用以评价模型的预测能力,通常Q2> 0.5被认为是有效模型,Q2> 0.9则表示模型非常优秀。 表1 PLS-DA模型的评价参数 注:表中A:表示主成分数;R2X:表示模型对X变量解释率;R2Y:表示模型对Y变量的解释率;Q2:表示模型...
PLS-DA建模:通过绘制两组数据建模,输出一系列关键参数结果。模型基本信息存储在“plsda_result.txt”中。 评价(O)PLS-DA模型拟合效果使用R2X、R2Y和Q2Y这三个指标,这些指标越接近1,表示PLS-DA模型拟合数据效果越好。 R2X和R2Y分别表示PLSDA分类模型所能够解释X和Y矩阵信息的百分比,Q2Y则为通过交叉验证计算得出...
分别建立两两分组比较的PLS-DA模型(图1)或OPLS-DA模型(图2),模型得到的参数评价会以表格形式提供。其中R^2X和R^2Y分别表示所建模型对X和Y矩阵的解释率,Q2标示模型的预测能力,理论上R^2、Q^2数值越接近1说明模型越好,越低说明模型的拟合准确性越差,通常情况下,R^2、Q^2高于0.5 (50%)较好,高于0.4即可...
1.增加或减少成分数(Components): 调整PLS-DA或OPLS-DA模型中的组件(潜变量)数量。过多或过少的组件都可能导致模型过拟合或欠拟合。 2.优化数据预处理: 对数据进行适当的预处理,如标准化、归一化、对数变换或去均值等,可以提高模型的性能。 3.变量选择: 移除不相关或噪声较大的变量。使用特征选择方法(如VIP分...
进行PLS-DA模型的建立 div(plsda.breast, ellipse = TRUE 指示变量矩阵 ist(t(plsda.breast$i 从结果中可以看到不同组别分别有哪些指标,以及哪些指标之间存在显著的差异? 从图中可以看到,分组GHEC之间的差异较小,分组ABDFIJK之间差异较小,这两类间均存在显著差异。
PLS-DA(偏最小二乘判别分析)是一种强大的多变量统计分析方法,特别适用于处理具有多个预测变量和多个响应变量的复杂数据集。以下是关于PL
今天,我们将 在Arcene数据集上执行PLS-DA, 其中包含100个观察值和10,000个解释变量。 让我们开始使用R 癌症/无癌标签(编码为-1 / 1)存储在不同的文件中,因此我们可以将其直接附加到完整的数据集,然后使用公式语法来训练模型。 ; # 安装加载 library(caret) ...
接着，进行PLS-DA建模。模型将输出关键参数结果，并记录在“plsda_result.txt”文件中。评价模型效果时，关注R2X、R2Y和Q2Y指标，接近1的数值表示模型拟合数据效果良好。R2X和R2Y分别衡量了模型解释X和Y矩阵信息的能力，而Q2Y用于评估预测能力。提取关键数值参数，生成得分矩阵和载荷矩阵，并进行VIP分析...
PLS-DA模型采用10个成分来评估最终模型所需的性能和成分数量(见下文)。 样品图:将样本投影到前两个成分所形成的子空间中。 srbct.plsda<-plsda(X,Y,ncomp=10)plotIndiv(srbct.plsda,comp=1:2,group=srbct$class,ind.names=FALSE,ellipse=TRUE,legend=TRUE,title='PLSDA on SRBCT') ...