plotHeatmap 是deeptools 中的一个工具,用于生成基于基因组区域的信号强度的热图。以下是 plotHeatmap 的所有参数及其详细解释: 必需参数 --matrixFile, -m:由 computeMatrix 工具生成的矩阵文件。 --outFileName, -out, -o:输出图像的文件名。文件扩展名将用于确定图像格式(如 "png", "eps", "pdf", "svg"...
【核心经验】DiffBind跑出流程不难,难就难在很难控制,也很难理解结果。 deeptools的结果高度可控,使用的normalization的方法也是很容易理解,所以我觉得下游所有的差异分析都可以基于deeptools的matrix数据。 就算是后面的单细胞的ATAC-seq数据,我觉得用这套方法来处理也是比较靠谱的。 一些小技巧,bam转bigwig去IGV可视化。
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【核心经验】DiffBind跑出流程不难,难就难在很难控制,也很难理解结果。 deeptools的结果高度可控,使用的normalization的方法也是很容易理解,所以我觉得下游所有的差异分析都可以基于deeptools的matrix数据。 就算是后面的单细胞的ATAC-seq数据,我觉得用这套方法来处理也是比较靠谱的。 一些小技巧,bam转bigwig去IGV可视化。
.. argparse:: :ref: deeptools.plotHeatmap.parse_arguments :prog: plotHeatmap Details plotHeatmap does not change the values that computeMatrix calculated, it simply translates them into heatmaps and summary plots. It offers a large variety of parameters to explore various visualizations and cust...