后来发现是Mapping the single-cell transcriptomic response of murine diabetic kidney disease to therapies这篇文章提到的R包plot1cell,链接是:https://github.com/HaojiaWu/plot1cell。plot1cell不仅可以进行炫酷的聚类图展示,也可以对单细胞数据的其他内容进行展示,例如气泡图,小提琴图,细胞比例图等等。这里我们只...
直接使用DimPlot函数对TSNE结果进行可视化: 也可以对TSNE的结果进行可视化,使用plot1cell代码步骤是一样的,不过因为我们直接使用prepare_circlize_data函数获取画图的数据及信息,里面调用的get_metadata默认参数是"umap",所以也是稍稍修改一下plot_circlize.R脚本即可 source("plot_circlize.R") circ_data <- prepare_cir...
简介 plot1cell包提供了多种单细胞数据可视化的高级功能,可以基于Seurat分析结果对象直接进行可视化绘图,主要依赖于Seurat V4,circlize,ComplexHeatmap和simplifyEnrichment等R包。 R包安装 使用devtools包进行安装: devtools::install_github("TheHumphreysLab/plot1cell")## or the development version, devtools::install_...
2022年发表于Cell Metabolism 的Mapping the single-cell transcriptomic response of murine diabetic kidney disease to therapies 文献中有一张主图中绘制的细胞大群及亚群的umap图很惊艳,作者提供了plot1cell 包,本文介绍一下如何复现下图。 一 载入R包,数据 使用之前注释过的sce.anno.RData数据 ,后台回复 anno ...
load("sce.anno.RData")head(sce2,2) 已经注释过了,下面可以直接使用。 二plot1cell 函数 1,绘制大群umap图 首先使用prepare_circlize_data函数得到绘图信息,然后plot_circlize函数可以直接绘制umap主图 并把单独的celltype圈画起来 。 ###Prepare data for ploting 准备圈图数据circ_data <- prepare_circlize...
一载入R包,数据 使用之前注释过的sce.anno.RData数据 ,后台回复 anno 即可获取 。这里要下载一下plot1cell图,大概率会提示缺少XXX包,这时候只要指定安装即可。 devtools::install_github("TheHumphreysLab/plot1cell")#根据实际缺少包进行安装bioc.packages <- c("biomaRt","GenomeInfoDb","EnsDb.Hsapiens.v86"...
使用之前注释过的sce.anno.RData数据 ,后台回复 anno 即可获取 。这里要下载一下plot1cell图,大概率会提示缺少XXX包,这时候只要指定安装即可。 代码语言:javascript 复制 devtools::install_github("TheHumphreysLab/plot1cell")#根据实际缺少包进行安装
Byline: Andy PassantThe matriarch of a notorious Teesside drugs dynasty serving eight years in prison could be locked up for even longer, a court heard.The Crown Prosecution Service claims Maureen McPartland plotted from prison to hive off more than pounds 80,000 into an offshore bank account....
Enables cellxgene to generate violin, stacked violin, stacked bar, heatmap, volcano, embedding, dot, track, density, 2D density, sankey and dual-gene plot in high-resolution SVG/PNG format. It also performs differential gene expression analysis and provi
后来发现是Mapping the single-cell transcriptomic response of murine diabetic kidney disease to therapies这篇文章提到的R包plot1cell,链接是:https://github.com/HaojiaWu/plot1cell。plot1cell不仅可以进行炫酷的聚类图展示,也可以对单细胞数据的其他内容进行展示,例如气泡图,小提琴图,细胞比例图等等。这里我们只...