## The new InteractiveComplexHeatmap package can directly export static ## complex heatmaps into an interactive Shiny app with zero effort. Have a try! ## ## This message can be suppressed by: ## suppressPackageStartupMessages(library(ComplexHeatmap)) ## === alter_fun = list( background...
pheatmap(log2(cuffdiff_result.sign.real[,c(8,9)]+1)) 处理后再看图,这就是我们在论文里常看到的heatmap图了,每一行是一个基因,颜色就代表这个基因的表达量,我们可以看到这些基因都是我们挑出来的差异基因。value_1是control组,value_2是treatment组,比较两组的颜色变化我们可以看到处理后大部分的基因表达量...
gp = gpar(fill = "black")), function(x, y, w, h) grid.circle(x = x, y = y, r = 1 * unit(2, "mm"), gp = gpar(fill = "black"))) )) 开始绘图 # 绘制热图 hp <- Heatmap(exp_mat, name = "hp", heatmap_legend_param = list(title = "expression"), col = col_fun...
(2)source 修改后R脚本 >for (f in list.files(path="youdir_path/R/",pattern="*.r$")){ + source_f = paste("yourdir_path/",f,sep = "") + source(source_f) +} (3) plot >png(paste($your_outdir,"CNV_heatmap.png",sep = "/"),width=4000,height=3000,res=400) >plotHeatma...
plotExprHeatmap文档:https://rdrr.io/bioc/CATALYST/man/plotExprHeatmap.html 依赖安装CATALYST BiocManager::install("CATALYST")library("CATALYST") 一、输入数据 data(PBMC_fs,PBMC_panel,PBMC_md) sce <- prepData(PBMC_fs, PBMC_panel, PBMC_md) ...
CUT&Tag | Cut&Run | 数据分析 | deeptools为核心 | plotFingerprint | profile | heatmap 2023年05月04日 在搞懂DiffBind后就几乎没有用过deeptools,因为R可以用jupyter notebook,代码和结果方便撰写和保存。 但是,最近被怼了,质疑了我的peak calling,一个核心的问题就是macs call出来的peak太多了,有6万个...
ggplot_calendar_heatmap(dtDateValue = df, cDateColumnName = 'date', #设置日期的列名 cValueColumnName = 'AQI', #设置数据的列名 vcGroupingColumnNames = 'year', #设置分组的列名 dayBorderSize = 0.2,dayBorderColour = 'grey60', #设置每天的边界线大小和颜色 ...
Plot Heat MapBerkley ShandsElena DeychWilliam D. Shannon
热度图还支持在使用xoffset和yoffset缩放后使用参数xscale，yscale和轴偏移来缩放轴。可以用colormap参数可用于指定命名或自定义颜色图。另外，colorbar和colorbar_border选项可用于启用/禁用颜色栏并配置其边框。 zlabel选项和zlabel!方法可用于设置z轴（颜色栏）标签。heatmap(collect(0:30) * collect(0:30)', ...
迄今为止最强大的upset plot R包,没有之一! upset plot我们已经介绍了多种画法,包括最流行的UpsetR,还介绍了使用complexHeatmap包画upset plot,以及ggupset包。这些包各有各的特色,基本用法差不多,在一些组合图形方面各有不同,大家可以翻看之前的文章。