## The new InteractiveComplexHeatmap package can directly export static ## complex heatmaps into an interactive Shiny app with zero effort. Have a try! ## ## This message can be suppressed by: ## suppressPackageStartupMessages(library(ComplexHeatmap)) ## === alter_fun = list( background...
pheatmap(log2(cuffdiff_result.sign.real[,c(8,9)]+1)) 处理后再看图,这就是我们在论文里常看到的heatmap图了,每一行是一个基因,颜色就代表这个基因的表达量,我们可以看到这些基因都是我们挑出来的差异基因。value_1是control组,value_2是treatment组,比较两组的颜色变化我们可以看到处理后大部分的基因表达量...
plotExprHeatmap(sce,scale="last",q=0,bars=TRUE,perc=TRUE,hm_pal=hcl.colors(10,"YlGnBu",rev=TRUE)) 四、"never": aggregate only raw (un-scaled) median expression by cluster-sample plotExprHeatmap(sce,features="pp38",by="both",k="meta10",scale="never",row_anno=FALSE,bars=FALSE) ...
github链接:wangweifeng2018/plotCNVHeatmap_genome #Step1. 下载 Bioconductor-copynumber 源码文件, $wget http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/copynumber_1.26.0.tar.gz $tar -zxvf copynumber_1.26.0.tar.gz $cd copynumber/R/ #Step2.修改源码文件 ##修改addChromlines.r文件...
R 绘图技巧 30| ComplexHeatmap 版本的复杂DotPlot(一) 今天的教程在此基础上进行了完善,感兴趣的可以试着运行一下。 加载R 包 library(Seurat) # DotPlot() library(tidyverse) # 数据整理 library(ComplexHeatmap) # 绘制气泡热图 library(circlize) # circlize::colorRamp2() ...
heatmap_group_plot.r 分组热图展示免疫侵润结果 使用参数说明: $ Rscript heatmap_group_plot.r-h usage: heatmap_group_plot.r [-h]-i filepath-m filepath-ggroup[group...] [-l filepath] [-t topnumber] [--scale SCALE][--log2][--cluster_rows][--cluster_cols][--show_rownames][-...
plot heatmap for test resultsJianhong Ou
ggplot_calendar_heatmap(dtDateValue = df, cDateColumnName = 'date', #设置日期的列名 cValueColumnName = 'AQI', #设置数据的列名 vcGroupingColumnNames = 'year', #设置分组的列名 dayBorderSize = 0.2,dayBorderColour = 'grey60', #设置每天的边界线大小和颜色 ...
使用plot_genes_branched_heatmap可以分为以下几个步骤。 1.安装和加载plot_genes_branched_heatmap包 在R语言环境中,可以通过以下命令安装plot_genes_branched_heatmap包: install.packages("plot_genes_branched_heatmap") 加载plot_genes_branched_heatmap包: library(plot_genes_branched_heatmap) 2.准备输入数据...
请尝试运行以下代码，进行实际操作体验。我们对代码中的cell_fun和col_fun进行了调整，其余部分与前文保持一致。这将有助于您对点图的个性化定制。随着今日教程的结束，我们的点图绘制技巧已初具规模。在后续的教程中，我们还会继续探讨更多点图的高级应用和个性化调整技巧，敬请期待第三版内容的发布。感谢...