The package is pretty cool. Thanks to Junjun. But T got an error when plotting heatmap with results from monocle2. Here is the message: df = plot_genes_branched_heatmap2(cds[c(indGene), ], branch_point = 1, num_clusters = 4, show_rownames = T, branch_labels = c("Mac_C1QA",...
2. 提取行聚类信息 kk <- plot_genes_branched_heatmap(num_clusters=3, return_heatmap=T) pp <- cutree(kk$ph$tree_row, k=3)
plot_genes_branched_heatmap是一种产生分支热图(branchedheatmap)的方法。热图是用颜色编码的二维矩阵,用于显示基因表达数据的相似性和差异性。而分支热图是在传统热图的基础上增加了分支结构,用以展示基因表达数据的层次关系和簇状模式。 二、原理 plot_genes_branched_heatmap的原理基于聚类分析和热图可视化。首先,对...
plot_genes_branched_heatmap主要用于可视化基因表达热图。基因表达热图是一种常用的数据可视化工具,用于展示不同样本中基因的表达水平,揭示基因的表达模式、聚类关系和差异性。通过绘制颜色编码的矩阵,可以清晰地观察基因表达情况。 【使用步骤】 使用plot_genes_branched_heatmap可以分为以下几个步骤。 1.安装和加载plot...
plot_genes_branched_heatmap是一种基于热图绘制的数据可视化工具,主要用于展示和解释基因表达数据。其基本原理是利用热图表达基因在不同条件下的表达水平,并通过分支将样本或条件进行聚类。 二、数据展示与解读 在plot_genes_branched_heatmap中,每一行代表一个基因,每一列代表一个样本或条件。颜色的深浅表示基因表达水...
plot_genes_branched_heatmap解读-回复 plot_genes_branched_heatmap是一种用于可视化基因表达数据的方法。这种方法能够以热图的形式展示基因在不同样本或条件下的表达水平,通过热图的颜色来表示表达水平的高低。在不同的样本或条件下,基因的表达水平可能会有所不同,因此热图能够清晰地展示基因表达的模式和差异。 热图...
plot_genes_branched_heatmap函数可以接受多个参数,其中最重要的是数据矩阵和样本或条件的标签。首先,我们需要将基因表达数据作为输入,用于计算基因之间的相似性或差异性。一般来说,我们可以使用Pearson相关系数或欧氏距离等指标来度量基因之间的相似性。然后,我们可以使用层次聚类算法将相似的基因分为不同的组。最后,我们...
在plot_genes_branched_heatmap中,基因聚类树状图通常位于热图顶部或侧边,用于将热图中的基因按照表达模式进行分组。通过观察基因聚类树状图,我们可以发现具有相似表达模式的基因群,并且这些基因群可能在特定生物过程或疾病中具有相似的功能。 第二步,我们需要解读sample clustering dendrogram(样本聚类树状图)。 样本聚类树...
plot_genes_branched_heatmap是一种基于热图的数据可视化方法,旨在揭示基因表达模式之间的相似性和差异性。这个方法可以应用于多个样本、多个基因,并且可以根据不同的条件或实验设计分支表示。 生成一个plot_genes_branched_heatmap所需要的数据主要是基因表达量数据矩阵,其中每行代表一个基因,每列代表一个样本。该矩阵...
plot_genes_branched_heatmap(mycds_sub_beam, branch_point = 1, num_clusters = 1, show_rownames = T) image.png plot_genes_branched_heatmap(mycds_sub_beam, branch_point = 1, num_clusters = 2, show_rownames = T) image.png