1: cds[BEAM_genes, ] %>% plot_genes_branched_heatmap(branch_point = 1, num_clusters = 4, show_rownames = F, return_heatmap = T) 梳理调用栈,并结合各节点的函数源码可以发现报错传递是: 代码语言:txt AI代码解释 plot_genes_branched_heatmap -> genSmoothCurves -> responseMatrix 先看一下r...
plot_genes_branched_heatmap解读 plot_genes_branched_heatmap是一种基于热图的数据可视化方法,旨在揭示基因表达模式之间的相似性和差异性。这种方法的适用范围很广,可以应用于多个样本、多个基因,并且可以根据不同的条件或实验设计分支表示。 在生成plot_genes_branched_heatmap时,主要需要的数据是基因表达量数据矩阵。
plot_genes_branched_heatmap是一种用于可视化基因表达数据的分支热图的函数。基因表达数据是指基因在不同生物样本或条件下的表达水平。该函数可以显示不同基因在不同样本之间的表达差异,进而揭示基因在特定生物过程中的功能和相互关系。本文将详细介绍plot_genes_branched_heatmap的解读方法和相关应用,以期帮助读者更好地...
plot_genes_branched_heatmap 提取 globalmapper提取dsm高程,序:一朋友提出想在地形数据上提取高程点,领导要求一定要梅花布置方式提取高程点,之前写的方案都是矩形模式提取的点位。和朋友深入聊了几分钟,了解了一下这个问题的核心:朋友做无人机航测外业及内业,无人机
plot_genes_branched_heatmap如何美化 Win 10 桌面简单美化(+开始菜单 TileGenie) 任务栏 仿Dock 任务栏透明化 隐藏输入法图标 其他 桌面图标 开始菜单 动态磁贴 图片磁贴 个人喜欢优美的壁纸,干净的桌面,所以进行了win10桌面的简单美化,教程如下。 重装了一次操作系统补充一下开始菜单的简单美化。
The package is pretty cool. Thanks to Junjun. But T got an error when plotting heatmap with results from monocle2. Here is the message: df = plot_genes_branched_heatmap2(cds[c(indGene), ], branch_point = 1, num_clusters = 4, show_rowname...
library(plot_genes_branched_heatmap) 2.准备输入数据 plot_genes_branched_heatmap要求输入一个基因表达矩阵作为数据源。基因表达矩阵通常是一个二维矩阵,包含多个样本和多个基因,每个元素表示一个基因在某个样本中的表达水平。可以从各种生物信息学数据库或软件中获取基因表达矩阵,如RNA-seq或microarray实验的结果。
R tips:解决monocle的plot_genes_branched_heatmap函数报错 最近在使用monocle的plotgenesbranched_heatmap函数进行BEAM分支热图绘制时发生了一个报错,如下: p <- cds[BEAM_genes,] %>% plot_genes_branched_heatmap...(branch_point = 1, num_clusters = 4, show_rownames = F, return_heatmap = T) ...
show_rownames = FALSE, return_heatmap = T) I hope this helps! I'm at the point now where I've run into your second problem. I have two branches in my trajectory, but there are no branch IDs to use to input into the plot_genes_branched_heatmap function. Let me know if you figu...
1. 各个branch的数据提取 kk <- plot_genes_branched_heatmap() kk$BranchA_exprs 2. 提取行聚类信息 kk <- plot_genes_branched_heatmap(num_clusters=3, return_heatmap=T) pp <- cutree(kk$ph$tree_row, k=3)