names(dna_segs) <- paste0("Genome", 1:3) 此时,我们就可以利用绘图函数进行绘制,plot_gene_map是genoPlotR中唯一一个绘图函数。利用dna_seg对象就可以绘制基因组结构图,这是最基础的一个应用。 plot_gene_map(dna_segs = dna_segs) 在实例1中,3条基因组的信息我们是分别导入并转化为dna_seg对象。但是...
gene-concept网络图 气泡图 emapplot网络图 有向无环图 热图 ssplot降维图形 聚类树 upsetplot 上一次推文已经给大家介绍了常见的富集分析类型以及如何使用全能的R包clusterprofiler实现,详情请见:富集分析常见类型 相必大家也知道clusterprofiler的富集结果可以画出很多漂亮的图,其中enrichplot是专门用于对接clusterprofiler...
OrgDb="org.Mm.eg.db")[,2]))#"org.Hs.eg.db""org.Mm.eg.db"gene_diff_entrez<-unique(c(gene_up_entrez,gene_down_entrez))##或者使用mapIds # gene_up_ENTREZID<-as.character(na.omit(mapIds(x=org.Mm.eg.db,# keys=gene_up,# keytype="SYMBOL",# column="ENTREZID"))) 3. 利用clu...
heatmap_legend_param=heatmap_legend_param) 三 添加注释 3.1 添加临床注释信息 pdata<-cli head(pdata) #对应患者pdata <- subset(pdata,pdata$sampleID%in% colnames(mat))mat <- mat[, pdata$sampleID]#定义注释信息ha<-HeatmapAnnotatio...
"inframe_insertion"两种类型filter(effect%in%c("missense_variant","inframe_insertion"))%>%unique()#转成绘制热图的数据形式(宽型数据)library(reshape2)mut3_dcast<-mut3%>%dcast(Sample_ID~gene,value.var='effect')%>%dplyr::select(Sample_ID,da$gene)%>%column_to_rownames("Sample_ID")%>%t(...
曼哈顿图:在生物和统计学上,做频率统计、突变分布、GWAS关联分析的时候,我们经常会看到一些非常漂亮的manhattan plot,能够对候选位点的分布和数值一目了然。位点坐标和pvalue。map文件至少包含三列——染色体号,SNP名字,SNP物理位置。assoc文件包含SNP名字和pvalue。haploview即可画出。
bigWig signal for a loci of interest t = track_extract(colData = bigWigs, loci = oct4_loci) #Or you can also specifiy a gene name instead of a loci # - loci and gene models will be automatically extracted from UCSC genome browser t = track_extract(colData = bigWigs, gene = "POU...
plot_gene_map(dna_segs = dna_segs,gene_type = "arrows",comparisons = comparisons) image.png annotation: x1 x2 text color rot 301 NA feat1 blue 30 800 1345 region1 black 0 注释信息是来对基因进行描述的,x1是描述名称的位置(如果没有x2的话),如果有x2的话就会使用大的括折给括起来 ...
4.6 heatplot: Heatmap-like functional classification 与cnetplot展示内容类似,但是将不同富集通路的相同基因聚在了一起,有助于我们更好识别基因模块 ## heatplot: Heatmap-likefunctional classification#构建含log2FC信息的genelistgenelist <- as.numeric(DEG_DESeq2[,2])names(genelist) <- row.names(DEG...
一般利用clusterProfiler包的bitr()函数或者mapIds()函数进行转换,用法如下: ### 转化基因名为entrez ID ###org.Hs.eg.db\org.Mm.eg.db包含着各大主流数据库的数据,如entrez ID和ensembl,#keytypes(org.Hs.eg.db) #查看所有支持及可转化类型 常用 "ENTREZID","ENSEMBL","SYMBOL"gene_up_entrez<-as.cha...