## [4] plot.default plot.dendrogram* plot.density* ## [7] plot.ecdf plot.factor* plot.formula* ## [10] plot.function plot.hclust* plot.histogram* ## [13] plot.HoltWinters* plot.isoreg* plot.lm* ## [16] plot.medpolish* plot.mlm* plot.ppr* ## [19] plot.prcomp* plot.princom...
问使用软件包ape的plot.phylo在plot.dendrogram中更改树叶颜色EN最近想要给音乐库增加一些音乐，下载了一些...
Plot Dendrograms with Color-Coded Labels
## [1] plot.acf* plot.data.frame* plot.decomposed.ts* ## [4] plot.default plot.dendrogram* plot.density* ## [7] plot.ecdf plot.factor* plot.formula* ## [10] plot.function plot.hclust* plot.histogram* ## [13] plot.HoltWinters* plot.isoreg* plot.lm* ## [16] plot.medpolish*...
NULL为自动显示数字，names(samples)是和样本一样；main ="Sample dendrogram and trait heatmap")...
我在试这个(https://jcoliver.github.io/learn-r/008-ggplot-dendrograms-and-heatmaps.html)使用制作热图和树状图的教程ggplot 2.数据可以在这里找到:https://jcoliver.github.io/learn-r/data/otter-mandible-data.csv。 然而,当我尝试导出high-resolution图像时, ...
接下来，我们将探讨代码的绘制思路：绘制基础聚类树p，并设置文字为新罗马字体并加粗。添加abline线条。使用geom_vline(xintercept)添加垂直线，注意不是geom_hline(yintercept)，这似乎与ggtree的layout设置为"dendrogram"有关。添加guide lines，但需注意不能为所有分支末端都添加，否则会影响美观。目前尚未找到ggtree...
这里多了一个知识点是ggtree作图默认开口树的方向是向右,如果需要把开口改成向下,需要加上layout_dendrogram()函数 最终的结果如下 image.png 这里和论文中的图有些不一致,可能是聚类算法的原因;ggtree有一个默认的从上到下排序,比如左侧的树现在第一个是H6,第二个是H5,如果想把H5放到第一个也是可以实现的,可以...
Specify"top"or"bottom"for a vertical dendrogram, where the leaf nodes are arranged horizontally. Specify"left"or"right"for a horizontal dendrogram, where the leaf nodes are arranged vertically. Label for each data point in the original data set, specified as a character vector, string array, ...
# 1.绘制基础聚类图 p <- ggtree(x$dendrograms[[1]], layout = "dendrogram", ladderize = FALSE, size = 0.2)+ labs(x = "Height", title = "Cluster Dendrogram")+ theme(axis.line.y = element_line(), axis.ticks.y = element_line(), axis.text.y = element_text(), text = element...