`plot_cell_trajectory`是一个用于绘制细胞轨迹图的函数,可以展示细胞发育或转化过程中的状态变化。通过合理设置参数,可以根据不同需求来自定义绘制出符合分析目的的细胞轨迹图。 2. 参数列表 `plot_cell_trajectory`函数包含以下参数: -`data`:表示数据集的变量,包含细胞的状态信息。 -`x`:表示绘制细胞轨迹图的x...
p2$layers[[1]]$data > p2<-plot_cell_trajectory(object_used_monocle2.cds,cell_size=1,color_by="seurat_clusters",show_tree=T)>p2 '#示例一 > head(p2$layers[[1]]$data) source target source_prin_graph_dim_1 source_prin_graph_dim_2 target_prin_graph_dim_1 target_prin_graph_dim_2 ...
plot_cells(cds, genes=top10, show_trajectory_graph=FALSE, label_cell_groups=FALSE, label_leaves=FALSE) #这里官网还有一个筛选共表达模块,但是我觉得用处有限,这里就不展示了,感兴趣的同学可以访问下面官方教程 #https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle3 #把我们细胞轨迹分析的结果返回Seurat对象中 ps...