cell_ids <- which(colData(cds)[, "seurat_clusters"] == time_bin) closest_vertex <-cds@principal_graph_aux[["UMAP"]]$pr_graph_cell_proj_closest_vertex closest_vertex <- as.matrix(closest_vertex[colnames(cds), ]) root_pr_nodes <- igraph::V(principal_graph(cds)[["UMAP"]])$name[a...
clustered dotplot for single-cell RNAseq | DNA confesses Data speak (rbind.io) 原文连接如上 我按照这个教程走了一遍但是不尽人意。 接下来介绍我自己的写法吧 先放效果图 做完以后长这样。 具体代码 首先从Seurat自带的Dotplot里获取绘图数据 p<-DotPlot(scRNA, feature=marker,group.by = "seurat_clust...
Fibroblast_meta %>%dplyr::group_by(seurat_clusters) %>%summarize(x = median(x = x),y= median(x = y)) ->centers_Fib points(Fibroblast_meta$x*0.32-1.2,Fibroblast_meta$y*0.32-0.73, pch =19, col = alpha(Fibroblast_meta$Colors,0.5), cex=0.1);text(centers_Fib$x*0.32-1.2,centers_Fi...
首先是第一个问题:我们在使用Seurat包的DimPlot函数做降维聚类图的时候,legend的顺序有时候想调整(或者clusters用数字的时候,排列并不是从小到大排列),或者VlnPlot和DotPlot函数作图的时候,想调整cell type顺序。我们知道在ggplot作图的时候我们可以使用factor或者forcats包固定顺序,那么在Seurat下怎么调整?其实只需要levels...
首先使用prepare_circlize_data函数得到绘图信息,然后plot_circlize函数可以直接绘制umap主图 并把单独的celltype圈画起来 。 ###Prepare data for ploting 准备圈图数据circ_data <- prepare_circlize_data(sce2, scale =0.8)set.seed(1234)# 设置细胞分群信息的颜色cluster_colors<-rand_color(length(levels(sce...
首先使用prepare_circlize_data函数得到绘图信息,然后plot_circlize函数可以直接绘制umap主图 并把单独的celltype圈画起来 。 代码语言:javascript 复制 ###Prepare dataforploting 准备圈图数据 circ_data<-prepare_circlize_data(sce2,scale=0.8)set.seed(1234)# 设置细胞分群信息的颜色 ...
我尝试将所有3个选项合并到绘图的函数是: 代码语言:javascript 复制 tsnePlotSubcluster<-function(feature="subcluster",# can be area,age,subcluster subclust="cluster_1",size.grey=0.25,size.color=0.3){# params<-plot.params[[celltype]]# cluster.colors<-color.values[[celltype]]$i ...
首先使用prepare_circlize_data函数得到绘图信息,然后plot_circlize函数可以直接绘制umap主图 并把单独的celltype圈画起来 。 ###Prepare data for ploting 准备圈图数据circ_data <- prepare_circlize_data(sce2, scale =0.8)set.seed(1234) # 设置细胞分群信息的颜色cluster_colors<-rand_color(length(levels(sce...
首先使用prepare_circlize_data函数得到绘图信息,然后plot_circlize函数可以直接绘制umap主图 并把单独的celltype圈画起来 。 ###Prepare data for ploting 准备圈图数据circ_data <- prepare_circlize_data(sce2, scale =0.8)set.seed(1234)# 设置细胞分群信息的颜色cluster_colors<-rand_color(length(levels(sce...
首先是第一个问题:我们在使用Seurat包的DimPlot函数做降维聚类图的时候,legend的顺序有时候想调整(或者clusters用数字的时候,排列并不是从小到大排列),或者VlnPlot和DotPlot函数作图的时候,想调整cell type顺序。我们知道在ggplot作图的时候我们可以使用factor或者forcats包固定顺序,那么在Seurat下怎么调整?其实只需要levels...