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微生物组统计和可视化——phyloseq入门 Alpha多样性 箱线图或柱状图 稀释曲线 维恩图 维恩图的变形,如UpsetView,网络图等。 Beta多样性 非限制性排序PCoA/NMDS 主成分分析PCA 主坐标分析PCoA 非度量多维尺度分析NMDS 对应分析CA 其他排序pls-da,opls-da,t-sne ...
Nature Methods:快速准确的微生物来源追溯工具FEAST Phyloseq格式使用实战 原版代码实战 SourceTracker—微生物来源分析3.7.7 其他常用算法人工神经网络分类 支持向量机分类 逻辑回归(GLM)3.8 树形图进化树 一文读懂 iTOL美化 进阶 GraPhlAn进化树 物种树Cladogram官方教程中文 重现Nature文章实战 Evolview基础 进阶...
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3.4.1 Stacked bar plot (堆叠柱状图) 3.4.2 Chord plot (弦图) 3.4.3 Tree plot/Bubble plot (树图/气泡图) 3.5 Differential analysis (差异比较) 3.5.1 t-test and rank-sum test (t检验和秩和检验) 3.5.2 Negative binomial distribution and count variance analysis (负二项分布和计数型差异分析) ...