使用--indep或--indep-pairwise参数来分析SNP位点之间的连锁不平衡程度。 bash plink --bfile your_data --indep-pairwise 50 5 0.2 这个命令将在每个50个SNP的窗口内,以5个SNP为步长,计算r²值超过0.2的SNP对之间的连锁不平衡程度。 运行plink命令,获取分析结果: 在终端或命令行界面中运行上述plink命令,...
二、LD过滤 这里我们主要使用 --indep-pairwise 参数,直接运行查看具体用法: 1plink --indep-pairwise --help2PLINK v1.90b4.6 64-bit (15 Aug 2017) www.cog-genomics.org/plink/1.9/3(C) 2005-2017 Shaun Purcell, Christopher Chang GNU General Public License v34--help present, ignoring other flags...
001、 plink --file file --sheep --allow-extra-chr --indep-pairwise5050.2--set-missing-var-ids @:# --keep-allele-order --outtmp_result## 依据ld过滤plink--file tmp_result --sheep --allow-extra-chr --extract tmp_result.prune.in--keep-allele-order --set-missing-var-ids @:# --rec...
--indep-pairwise:rˆ2 pruning 50:the windows size in SNPs; 10:the number of SNPs to shift the window at each step; 0.2:variance inflation factor(方差膨胀因子)的阈值 VIF=1/(1-R^2) 最后生成的strat1.cluster可以作为协变量参与后续的分析。
plink2[commandflag(s)...][otherflag(s)...]plink2--help[flagname(s)...]Commands include--rm-dup list,--make-bpgen,--export,--freq,--geno-counts,--sample-counts,--missing,--hardy,--het,--fst,--indep-pairwise,--ld,--sample-diff,--make-king,--king-cutoff,--pmerge,--pgen...
GWAS Plink prune最后选择的参数是--indep-pairwise 200 100 0.2,加是 for i in $(seq 1 1 22); do plink --vcf chr$i.dose.vcf.gz --indep-pairwise 200 100 0.2 -out /home/ttmo/gwas/prune/prune$i; done ref...
Repository to host tool-specific module files for the Nextflow DSL2 community! - nf-test migration: plink/indeppairwise · Issue #7664 · nf-core/modules
os.system('plink --file hapmap10_auto_noofs --indeppairwise 50 10 0.1 --out keep') os.system('plink --file hapmap10_auto_noofs --extract keep.prune.in --recode --out hapmap10_auto_noofs_ld') 如果数据集是要进行LD清洗的,第一步将生成需要保留的标记的列表。 这里使用了宽度为50个...
plink --bfile data --indep-pairwise 100 50 0.2 --out pruned_data #--indep-pairwise 50 5 0.2:这是 LD 剪枝的核心参数设置。 #100 表示滑动窗口的大小,即每次考虑的 SNP 位点数量。 #20 是窗口移动的步长,也就是每次窗口移动时跳过的 SNP 位点数量。 #0.2 是连锁不平衡的阈值,当两个 SNP 位点之...
plink --bfile EUR --keep EUR.QC.fam --extract EUR.QC.snplist --indep-pairwise 200 50 0.25 --out EUR.QC --keep:只保留EUR.QC.fam中存在的样本;--extract:只保留EUR.QC.snplist中的 SNPs;--indep-pairwise:执行 prunning 的窗口大小为 200kb,每次步长为 50 个 SNP,并过滤掉 LD r2 大于 0....