1.1hapmap转vcf #* hapmap 转vcf module load tassel/5 run_pipeline.pl -Xmx5g -fork1 -h /data/cotton/zhonghuaLi/lzh/Samples251_All_SNPs_MAF5_Chr_Homo.hmp.txt.gz -export -exportType VCF -runfork1 #* vcf转hapmap run_pipeline.pl -Xmx10g -vcf HC04_imputeV2.vcf.gz -sortPositions -...
我的原始文件是 .hmp.txt 格式,所以得通过 tassel 排序转换才能得到我想要的 vcf 文件。 #对原始的.hmp.txt文件排序 run_pipeline.pl -SortGenotypeFilePlugin -inputFile test.hmp.txt -outputFile test.sort.hmp.txt -fileType Hapmap #将排序好的文件转为 vcf 格式 run_pipeline.pl -fork1 -h tassel.te...
hapmap格式：hmp.txt plink格式：ped和map以及二进制文件bed/bim/fam vcf格式：vcf
3. 文件格式 3.1 hapmap格式:genotype.hmp.txt 行头: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 rs# alleles chrom pos strand assembly# center protLSID assayLSID panelLSID QCcode sample1 sample2... 内容: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 rs# alleles chrom pos strand...
大家好,我是邓飞。hmp格式是一种基因型格式,但是现在更多的是vcf或者plink格式的数据,今天介绍一下plink格式的数据如何导入到GAPIT软件中进行分析。 GAPIT软件支持的基因型格式为:hmp格式,plink数据转化为hmp格式,中间经过了很多路。现在提供另外一种解决方案,不用将plink数据转化为hmp格式,进行GWAS分析。
格式转换 hapmap格式:hmp.txt plink格式:ped和map以及二进制文件bed/bim/fam vcf格式:vcf 1.1. hapmap <-> vcf #...
其可以实现Hapmap,Plink ,VCF ,Haplotype, Numeric , BLUPF90 格式的相互转化 library(blupADC)sum_data=genotype_data_format_conversion(input_data_hmp=data_hmp,#提供的hampap格式数据的对象 output_data_type=c("Plink","BLUPF90","Numeric"),#基因型数据的输出类型 ...
run_pipeline.pl -fork1 -h test.sort.hmp.txt -export -exportType VCF 生成一个test.vcf文件 5.3 使用vcftools生成plink文件 vcftools --vcf test.vcf --plink --out tassel.test.vcf2plink 生成tassel.test.vcf2plink文件 5.4 使用plink将vcf文件, 变为bed文件 ...
大家好,我是邓飞。hmp格式是一种基因型格式,但是现在更多的是vcf或者plink格式的数据,今天介绍一下plink格式的数据如何导入到GAPIT软件中进行分析。 GAPIT软件支持的基因型格式为:hmp格式,plink数据转化为hmp格式,中间经过了很多路。现在提供另外一种解决方案,不用将plink数据转化为hmp格式,进行GWAS分析。
plink --vcf test.vcf --recode --out t1 map和ped数据: 代码汇总: 如果用的是配置好的Linux系统,只需要下载tassel软件,然后进入文件夹: gitclone https://bitbucket.org/tasseladmin/tassel-5-standalone.gitcd tassel-5-standalone/ #把hapmap放到该文件夹中,命名为hmp.txt文件./run_pipeline.pl -SortGe...