samtools index 02.bam/C24.sorted.bam samtools index 02.bam/Kyo.sorted.bam 检测变异 time ~/biotools/minipileup-master/minipileup -f 00.ref/col0.chr1.fa -vcC -s0 -a0 -q0 -l 20000 02.bam/An1.sorted.bam 02.bam/C24.sorted.bam 02.bam/Kyo.sorted.bam > var.vcf 速度非常快 输出文件...
pileup文件是指通过BAM文件每个位置重叠的read对比对结果进行的总结,可用于判断各个位点突变的可能性。这里通过命令行工具演示使用pileup文件进行突变识别(仅供参考,突变识别有更专业的工具与流程)。 数据下载地址: NA12891_CEU_sample.bam human_g1k_v37.fasta(ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/referen...