# 登录后从 Mycocosm 下载所有蛋白质文件的列表: ./bin/get_jgi_genomes -c signon.cookie -f -l # 登录后从 Phycocosm 下载所有 CDS 文件: ./bin/get_jgi_genomes -c signon.cookie -a -C # 登录后从 Phytozome V12 下载所有程序集文件: ./bin/get_jgi_genomes -c signon.cookie -P 12 -A ...
JGI里Phytozome后面的v10或者v11或者v12是什么意思，数字越大越新吗不同的版本，越大越新；选择最新的...
PhytozomeV12 5. PhytozomeV11 6. PhytozomeV10 请输入你想下载的数据库,用数字表示:例如:2 输入后请回车 2 第1个文件已存在且与本地文件一致第2个文件已存在且与本地文件一致第3个文件已存在且与本地文件一致第4个文件已存在且与本地文件一致第5个文件已存在且与本地文件一致第6个文件已存在且与本地文件...
organism=PhytozomeV12 -b cookies -c cookies > all.xml curl 'https://genome.jgi.doe.gov/portal/ext-api/downloads/get-directory?organism=PhytozomeV12' -b cookies > all.xml 整理表格,只保留所有基因组序列链接(事实上,这里可以抓取自己想要的各个文件的links,比如所有CDS,比如所有蛋白...) perl-lne'...
organism=PhytozomeV12 -b cookies -c cookies > all.xml curl'https://genome.jgi./portal/ext-api/downloads/get-directory?organism=PhytozomeV12'-b cookies > all.xml 整理表格,只保留所有基因组序列链接(事实上,这里可以抓取自己想要的各个文件的links,比如所有CDS,比如所有蛋白...) ...
嗨嗨,好久不见,太久没有更新啦。前几天和老师讨论实验的时候,他提到了这个数据库挺方便,之前只是听说过,没有研究过怎么用,回来之后我就仔细看了下,今天顺便记录一些基本操作哈。 首先,phytozome是一个收录了植物基因组的数据库和在线工具,注释信息、基因组数据的获取、可视化浏览都十分方便。