phytozome blast 流程 貌似他们不再维护原来那个网站了用下边这个吧：http://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html# 1.打开网址后点tools——blast 2.输入物种拉丁名 5.go 4.在此输入序列 3.选中 这个就是序列所在的染色体 6.点这里 这里显示的就是序列在染色体上的具体位置 7.点这个地方 8.点sequences 9...
Blast工具支持自定义参数进行序列比对,用户上传本地蛋白序列后,可通过调整E值阈值筛选潜在同源基因,结果可导出为表格或交互式图谱。 数据更新与质量控制 平台数据主要来自JGI(联合基因组研究所)主导的测序项目,每季度更新一次,新增物种需通过严格的质量控制流程(如Contig N50>100kb,注释BUSCO完整性>...
今天主要介绍一下Phytozome网站基因组如何下载,通过blast查询多个物种中得同源基因,以及根据基因相关功能结构域等批量下载相关基因的CDS,PEP等序列信息; Phytozome 作为专门收录植物基因组的网站,在基因组数据的下载、查询、可视化浏览等方面做的也很不错,也是一个不错的基因组数据下载数据库。 今天主要介绍一下该网站基因...
blast n.爆炸；冲击波；一阵 vi.猛攻 vt.爆炸；损害；使枯萎 n.(Blast)人名；(德)布拉斯特 注：BLAST 是英语Bell Labs Layered Space-Time 的缩写，是一项新的通信技术，它采用多天线系统利用多径传播效应以达到提高频谱利用率的目的。如今BLAST技术已经与OFDM(正交频分复用)以及自适应编码(Adaptive ...
在phytozome中blast可以选择物种，却无法选择target type:proteome，也没法输入序列是怎么回事？发自小木虫...
找水稻的同源基因方法：1、到phytozome网站上选择你要找的物种水稻。2、点击BLAST-search。3、在target-type中选择proteome，把氨基酸序列复制到BLAST框中，点GO。4、出结果后，得分越高说明同源性越高。要
进入blast搜秀界面,输入序列,选择要查找的物种,可以是多个(ctrl+)物种,就可以跨物种搜索同源序列了: 搜索结果如下,也可以批量导出,便于后续分析,是不是功能很强大? 另外,我们在网易云课堂上有更多的精彩教学视频,您可以点击以下链接进行观看! 更多生物信息课程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发...
在使用phytozome下载序列时，首先，访问JGI主页，选择你感兴趣的物种。接着，你可以通过Key Words search或Blast工具来搜索目标序列。一旦找到，点击该序列链接，页面会展示一系列相关选项。其中，"About this gene"提供基因基本信息，"Sequences"则是你所需的核心部分，这里可以获取DNA或cDNA序列。对于更长...
Phytozome还接受用户上传自己的基因组数据,对用户数据进行注释,并提供基于BLAST的功能注释和基因结构预测工具。 Phytozome的使用方法 在开始使用Phytozome之前,首先需要访问Phytozome的网站(ph ytozome .jgi.doe. gov),创建帐户或直接使用Phytozome所提供的访问权限。下面是Phytozome的具体使用方法: 1.搜索植物物种 在...
生物基因组研究的 BLAST 和 BLAT 搜索和蛋白质和基因序列的 BLAST 搜索,可用于发现基因组区域、基因转录产物、多肽和最类似于一个给定查询序列的基因家族。对所有基因和基因家族属性,如名称、符号、同义词、外部数据库标识符、内容和功能注释 ID 进行搜索,及基因家族自动继承其成员的属性,使它直接检索相关的家族,但...