Phonopy会创建出一系列名为Si-supercell-xxx.inp的输入文件,挨个执行cp2k计算就可以了。计算完成后会产生一系列名为Si-supercell-XXX-forces-1_0.xyz的文件,本例只会有一个Si-supercell-001-forces-1_0.xyz 3.创建FORCE_SET phonopy --cp2k -f Si-supercell-001-forces-1_0.xyz 成功后会产生FORCE_SET文件。
phonopy --cp2k -f Si-supercell-001-forces-1_0.xyz 如果有多个xyz文件,可以复制到同一文件夹中,同时要将phonopy_disp.yaml文件复制过来,使用以下命令处理: phonopy --cp2k -f Si-supercell-001-forces-1_0.xyz Si-supercell-001-forces-1_0.xyz ... 或者phonopy --cp2k -f Si-supercell-{001..999...
在执行CP2K对晶体进行第一性原理计算时，Phonopy是一个基于有限位移法计算声子的有效工具。在INP文件中，必须包含晶胞和原子位置信息，且不能使用外部结构文件。此外，inp文件中不应包含汉字。2. 使用Phonopy生成2x2x2超胞的位移 计算完成后，将生成以下文件：supercell.inp（新生成的超胞文件，不含位移）...
对于部分密度_of_states（pdos）的计算，需准备pdos.conf文件，通过运行"phonopy --cp2k -c Si.inp -p pdos.conf"命令。所有这些步骤都依赖于CP2K和Phonopy库，具体参考以下资源：1. CP2K Open Source Molecular Dynamics 2. Phonopy v.2.20.0 通过这些步骤，你可以成功绘制声子谱和声子态密度...
以下为phonopy算的在不同温度下的自由能数值 # temperature[K] Free energy [kJ/mol] Entropy [J/K...
我觉得是这样的，你可以看看cp2k跟phonopy结合计算声子谱的官网教程：http://phonopy.github.io/phonopy/...
计算器接口:VASP、VASP DFPT、ABINIT、Quantu ESPRESSO、SIESTA、Elk、WIEN2k、CRYSTAL、DFTB+、TURBOMOLE、CP2K、FHI目标、CASTEP、Fleur、LAMMPS(外部) Python 的 Phonopy API 下载方式(联网方式): pip install --index-url https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/ phonopy 安装成功后,在命令行输入 phonopy ,...
首先需要将待计算的结构进行优化(优化方法及参数设置参考前面的教程)。新建名为TS_thermal的文件夹,将优化好的结构文件拷贝至TS_thermal的文件夹中,执行‘cp CONTCAR POSCAR’。 创建超胞。命令为: phonopy -d –dim = ‘m n l’ 生成一个SPOSCAR文件,其中包含的结构为由指定单胞扩展得到的m×n×l的超原胞...
cp2k.rst crystal.rst dftb+.rst documentation.md dynamic-structure-factor.md elk.rst examples.md external-tools.md formulation.md gruneisen.md index.md input-files.md install.md interfaces.md lammps.md mlp-sscha.md output-files.md pdos.png phonondb-mp-661.png phonopy-load.md phonopy-logo...
[project.optional-dependencies] cp2k = ["cp2k-input-tools"] seekpath = ["seekpath"]pypolymlp = ["pypolymlp>=0.5.1"]tools = ["seekpath", "pypolymlp>=0.5.1"]pypolymlp = ["pypolymlp>=0.9.2"]tools = ["seekpath", "pypolymlp>=0.9.2"][project.scripts] ...