pheatmap(data, annotation_col = annotation) 在上述示例中,"data.txt"是包含数据的文件,"Group"和"Condition"是要进行标注的两列。通过设置"annotation_col"参数为标注矩阵,可以在热图中显示这两列的标注信息。 推荐的腾讯云相关产品:腾讯云服务器(https://cloud.tencent.com/product/cvm)和腾讯云数据库(https://...
pheatmap(data,scale="none",cluster_cols=F,cluster_rows=F,show_rownames=T,annotation_col=sample_class,annotation_colors=ann_colors) 4.如果想给基因分组,同样的excel里面把每个基因的分类给出来,放到txt里面,读到R,并给每个分组指定颜色。 gene_class<-read.table("gene_class.txt",header=T,sep="\t"...
已弃用的参数,该参数当前设置缺少annotation_col annotation_colors: list for specifying annotation_row and annotation_col track colors manually. It is possible to define the colors for only some of the features. Check examples for details. 用于手动指定annotation_row和annotation_col轨道颜色的列表。可以仅...
annotation_col: similar to annotation_row, butforcolumns. 与 annotation_row 类似,但适用于列。 annotation: deprecated parameter that currently sets the annotation_colifit is missing 已弃用的参数,该参数当前设置缺少annotation_col annotation_colors: listforspecifying annotation_row and annotation_col track ...
使用gaps_row 和gaps_col 函数可以在指定位置处添加gap # gaps_row = c(7, 17)参数在第7和17行处添加gap, 同时对行不进行聚类 pheatmap(data.1, annotation_col = annotation_col, cluster_rows = FALSE, gaps_row = c(7, 17), cellwidth = 20, cellheight = 15) ...
pheatmap(test, annotation_col = annotation_col, cluster_rows = FALSE,gaps_row = c(10,14)) #根据聚类结果,设定列gap (cutree_col = 2) pheatmap(test,annotation_col = annotation_col, cluster_rows = FALSE,cutree_col = 2) #展示行或者列的label ...
annotation_r <- data.frame(gene_class, gene_type) rownames(annotation_r) <- rownames(exp_ds) 画图 pheatmap(exp_ds, #表达数据 cluster_rows = T,#行聚类cluster_cols = T,#列聚类 annotation_col =annotation_c, #样本分类数据 annotation_row = annotation_r, ...
pheatmap(pld,cluster_rows=F,cluster_cols=F,angle_col=90,annotation_colors=ann_colors,gaps_col=c(5,10,15,20),#border_color = "grey60",annotation_col=annotaion_col,annotation_row=annotation_row,cellwidth=11,cellheight=9,#调节,解决热图区边框不见的问题color=colorRampPalette(colors=c("white"...
annotation_col = annotaion_col, color = colorRampPalette(colors = c("white","red"))(100)) 1. 2. 3. 4. 5. 6. 这时一切正常,border_color我根本不用去动它。 加上行注释后热图边框消失了 pheatmap(pld, cluster_rows = F, cluster_cols = F, ...
pheatmap(test, annotation_col = annotation_col, annotation_row = annotation_row, annotation_colors = ann_colors) #还可以利用gaps_row, gaps_col自己设定要分隔开的位置 pheatmap(test, annotation_col = annotation_col, cluster_rows = FALSE, gaps_row = c(10, 14), ...