可惜由于pGlyco 1文章的投稿没有预先告诉编辑,pGlyco 2后来还是被NM拒稿了(见附录的NM第二轮审稿意见,其中编辑对没有告知她pGlyco 1的工作有些失望)。实际上,pGlyco 1和pGlyco 2的质谱流程、算法流程等都不相同,所以我们没有在pGlyco ...
商标名称 PGLYCO 国际分类 第42类-网站服务 商标状态 商标注册申请 申请/注册号 17308496 申请日期 2015-06-29 申请人名称(中文) 中国科学院计算技术研究所 申请人名称(英文) - 申请人地址(中文) 北京市海淀区中关村科学院南路6号 申请人地址(英文) - 初审公告期号 - 初审公告日期 2016-06-06 注册公告期号...
此外,pGlyco2.0另一大亮点是采用了高准确度的FDR算法,从肽骨架、糖链和糖肽三个层次综合控制FDR【pGlyco的FDR算法研究一直走在同行的前列,事实上,完整糖肽鉴定软件的开发中,FDR控制算法的设计是重中之重】。 pGlyco对糖肽谱图的解析思路并不复杂,首先,需要有一个糖库,糖链数据库比较著名的有GlycomeDB,不过现在已经...
作为一款专注于完整糖肽水平上糖蛋白质组定量的工具，pGlycoQuant兼容了多种搜索引擎的鉴定结果，支持多种定量策略。在广泛适用的同时，大幅度减少了大规模糖蛋白质组数据的定量缺失值，提高了定量准确性。pGlycoQuant为差异位点特异性糖基化蛋白质组学研究提供了高效定量工具，期待其能够助力糖基化相关诊疗标志物研究。...
中科新生命推出的完整N-糖肽组的分析软件为pGlyco 3.0,该软件是目前首个提出聚糖优先的糖肽搜索引擎,该方法的特色是先搜索糖链部分,通过糖链鉴定的质控,缩小搜索空间从而提高检索速度,并且过滤掉不可靠的糖型从而提高鉴定精度。此外对于含有多个糖基化修饰位点的糖肽,pGlyco 3.0采用动态规划算法对糖基化位点进行精准定位...
而这极大地扩展了几个广泛使用的搜索引擎(pGlyco 2.0, pGlyco3, Byonic and MSFraggerGlyco.)的定量功能。pGlycoQuant进一步应用于三种不同的转移性HCC细胞系的n-糖蛋白质组学研究,定量了6435个完整的n-糖肽,并结合体外分子生物学实验,说明L1CAM的979核位点聚焦是HCC转移的潜在调控因子。
pGlyco integrated spectral information from HCD-MS/MS, CID-MS/MS and MS3 to identify glycopeptides. We divided our MS data acquisition and analysis workflow into four steps, as illustrated in Fig. 1: Figure 1 The overall workflow of pGlyco. First the sample is analyzed by HCD-MS/MS (NCE...
When using pGlyco3 for the first time, a license applicaiton dialog will show. After filling all the reguired items and clicking "copy to clipboard" to copy the form, you can then paste the form onhttp://i.pfind.org/license/pGlyco3to generate a license. Please check your spam mailbox...
pGlyco integrated spectral information from HCD-MS/MS, CID-MS/MS and MS3 to identify glycopeptides. We divided our MS data acquisition and analysis workflow into four steps, as illustrated in Fig. 1: Step 1: HCD-MS/MS. After full scan, precursors were firstly fragmented by HCD with normal...
pGlyco 2.0, that not only fully utilizes the comprehensive fragments in the spectrum but also performs comprehensive quality control over the glycopeptide-spectrum matches (GPSMs). To evaluate the accuracy of our pipeline, a new and quantitative analysis method using metabolically labeled glycoproteome ...