$conda create -n pgcgap python=3 $conda activate pgcgap $conda install pgcgap $conda deactivate Step2:配置COG数据库 (初次安装PGCGAP后需要执行此步骤) $conda activate pgcgap $pgcgap --setup-COGdb $conda deactivate Step3: 升级PGCGAP(升级版本时运行) $conda activate pgcgap $conda update pgcgap 此外,...
开始提取 在终端里打开 PGCGAP 的 conda 安装环境,并运行如下命令: 提取的文件保存在Seqout.fasta中。 引用 Liu H, Xin B, Zheng J, Zhong H, Yu Y, Peng D, Sun M. Build a bioinformatics analysis platform and apply it to routine analysis of microbial genomics and comparative genomics. Protocol e...
在终端里打开 PGCGAP 的 conda 安装环境,并运行如下命令: # ids.txt中含有要提取序列的id,可以是一列或者多列,如果为多列,需要用空格或者制表符来分隔列与列,id本身是不能带空格的。 pgcgap --ACC --id2seq --ids ids.txt --seqin SRR9620252.faa --seqout Seqout.fasta 提取的文件保存在Seqout.fasta...
该管道可以通过conda实现一键安装,现已更新至V1.0.32。 PGCGAP相关链接: Github仓库:https://github.com/liaochenlanruo/pgcgap 英文网页:https://www.liaochenlanruo.fun/pgcgap/ 中文网页:https://www.liaochenlanruo.fun/post/848f.html 为了帮助生信初学者或无基础者熟练使用PGCGAP,我们还在《Protocol exchange》...
#Install mamba firstconda install mamba#Usually specify the latest version of PGCGAPmamba create -n pgcgap pgcgap=1.0.35 Method 2: use "environment.yaml". Run the following commands to download thelatest environmental fileand install PGCGAP: ...
在终端里打开 PGCGAP 的 conda 安装环境,并运行如下命令: 提取的文件保存在Seqout.fasta中。 引用 Liu H, Xin B, Zheng J, Zhong H, Yu Y, Peng D, Sun M. Build a bioinformatics analysis platform and apply it to routine analysis of microbial genomics and comparative genomics. Protocol exchange, ...