parallel-fastq-dump implementation in bash script. Contribute to inutano/pfastq-dump development by creating an account on GitHub.
使用pfastq_dump,因为pfastq_dump是基于fastq_dump写的一个bash程序,所以参数是相同的: 对于单端数据转换,转换后文件是fq.gz: for id in *sra; do pfastq-dump --threads 10 ./$id --gzip; done 对于双端数据转换,转换后文件是fq.gz: for id in *sra; do pfastq-dump --threads 8 ./$id --spl...
chmod a+x pfastq-dump /pfastq-dump/bin/pfastq-dump -h pfastq-dump用法 2. 单端数据拆分 对prefetch命令下载.sra数据进行拆分。 # SRA数据下载,提前安装好prefetchnohup prefetch SRR3498212&/pfastq-dump/bin/pfastq-dump -t8-O ./ ./SRR3498212.sra# 结果文件:SRR3498212.fastq 3. 双端数据拆分...