在蛋白质分子中,包含多个结构特异并且功能区里的区域,这些区域称之为domain, domain 可以看做蛋白质功能的基本单位,蛋白质的功能由包含的多个domain共同决定。研究domain, 可以更好的研究蛋白质功能。 Pfam是蛋白质家族的数据库,根据多序列比对结果和隐马尔可夫模型,将蛋白质分为不同的家族。网址如下 http://pfam.xf...
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pfam数据库介绍及使用 一个基因转录的蛋白质分子中可以包含多个结构特异并且功能不同的区域,这些区域称之为domain,domain 可以看作蛋白质功能的基本单位,蛋白质的功能由包含的多个domain共同决定,研究domain, 可以更好的研究蛋白质功能,而具有相同结构域的基因往往形成一个基因家族。 基因家族是来源于同一个祖先,由一...
你有一个蛋白序列,想要得到他的功能区域注释,主要是三种方法。CDD,samrt,interpro. 1.cdd 直接去ncbi可以找到,但是不可以给你给出一个模式图。只有功能区的名字和信息 优点是可以批量处理 2.smart 不是很准。…
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研究 domain, 可以更好 的研究蛋白质功能。 Pfam 是蛋白质家族的数据库,根据多序列比对结果和隐马尔可夫 模型,将蛋白质分为不同的家族。网址如下 / 在该数据库中,提供了以下 2 个不同层级蛋白质家族信息。 1. family 每个 family 以 PF 编号唯一标识,示意如下 所有的 family 可以分为以下 6 种类型 1. ...
最近pfam 网站关闭了,合并到interporo里面,如果你要去找同源基因domain的编号和用hmmer筛选同源基因就要去interpro下载hmm文件。 Pfam is now hosted by InterPropfam-legacy.xfam.org/ 1.打开interpro,点击pfam图标 InterPro (ebi.ac.uk)www.ebi.ac.uk/interpro/ 2.搜索你要的domain 这里以第一个为实...
Pfam数据库是蛋⽩质家族的数据库，根据多序列⽐对结果和隐马尔可夫模型，将蛋⽩质分为不同的家族。⽹址如下 在该数据库中，提供了以下3个不同层级蛋⽩质家族信息。1.family 每个family以PF编号唯⼀标识，所有的family可以分为以下6种类型：FamilyA collection of related protein regions DomainA ...
Pfam domains and domain patterns in the microneme proteins of apicomplexan parasites.Zhongqiang ChenOmar S. HarbDavid S. Roos
fastapi 查询mysql数据库 pfam数据库怎么看,一个基因转录的蛋白质分子中可以包含多个结构特异并且功能不同的区域,这些区域称之为domain,domain可以看作蛋白质功能的基本单位,蛋白质的功能由包含的多个domain共同决定,研究domain,可以更好的研究蛋白质功能,而具有相同