Norman研究组合作在Cell杂志上发表了题为Mapping information-rich genotype-phenotype landscapes with genome-scale Perturb-seq的研究。 图5: 为了揭示基因扰动的功能后果和基因型-表型关系,研究人员使用人类血癌细胞系,以及来自视网膜的非癌细胞,对超过250万个细胞进行了Perturb-seq,并使用这些数据构建了一个基因型-...
为了在体内模型中进行大规模CRISPR筛选，近日，瑞士苏黎世联邦理工学院Randall J. Platt研究组发文题为Transcriptional linkage analysis with in vivo AAV-Perturb-seq，通过引入腺相关病毒进行体内直接单细胞CRISPR筛选，系统性对成年小鼠脑中基因功能进行分析，建立了灵活且扩展的体内方法用于确定生物学和疾病机制，从而开发...
作者通过将实验数据与自闭症大脑中snRNA-seq数据集进行比较，并使用DESeq2进行统计上保守的伪大体分析，定义了每种细胞类型中的差异表达基因，并校正了年龄、性别和患者之间的差异。结果表明，在抑制性神经元、兴奋性神经元或少突胶质细胞等3种主要细胞类型中，自闭症患者中35个ASD/ND相关基因的数据结果与小鼠Perturb-...
Perturb-Seq结果与自闭症患者脑组织中的表达变化相关 研究人员接下来探究了在小鼠Perturb-Seq中的实验结果能否与自闭症患者死亡后大脑中观察到的变化相似。作者通过将实验数据与自闭症大脑中snRNA-seq数据集进行比较,并使用DESeq2进行统计上保守的伪大体分析,定义了每种细胞类型中的差异表达基因,并校正了年龄、性别和患...
作者通过将实验数据与自闭症大脑中snRNA-seq数据集进行比较,并使用DESeq2进行统计上保守的伪大体分析,定义了每种细胞类型中的差异表达基因,并校正了年龄、性别和患者之间的差异。结果表明,在抑制性神经元、兴奋性神经元或少突胶质细胞等3种主要细胞类型中,自闭症患者中35个ASD/ND相关基因的数据结果与小鼠Perturb-Seq...
利用现有的数据集定义出ASD病人中不同类型细胞中差异表达的基因，并且在小鼠中有1:1同源类似物的基因共14个。分析显示中间神经元的SST和兴奋性神经元的NRN1在ASD病人中表达降低，与Perturb-Seq试验中表达显著减少相一致。这表明Perturb-Seq实验可以鉴定出人类ASD病人中存在的基因表达异常。总的来说，研究开发了体内...
作者通过将实验数据与自闭症大脑中snRNA-seq数据集进行比较,并使用DESeq2进行统计上保守的伪大体分析,定义了每种细胞类型中的差异表达基因,并校正了年龄、性别和患者之间的差异。结果表明,在抑制性神经元、兴奋性神经元或少突胶质细胞等3种主要细胞类型中,自闭症患者中35个ASD/ND相关基因的数据结果与小鼠Perturb-Seq...
Perturb-seq是指利用CRISPR-Cas9技术将基因变化引入细胞内,然后使用单细胞转录组测序捕获特定基因变化导致的转录组信息变化,能够研究给定细胞类型的全面遗传扰动影响,可以以前所未有的深度跟踪打开或关闭基因的影响。基于Perturb-seq,研究团队...
最近才开始摸这部分数据,但也算不错啦,直接上手single-cell的perturb-seq。 Mixscape流程简单易用,已经成功跑完了,结果也很make sense 参考:project/Data_center/analysis/Perturb_seq_Sethi/cellranger 接下来玩一下scMAGeCK 安装 1 condainstall-c bioconda mageck pysam ...
scATAC-seq Perturb-seq (CRISPR library) 可玩性非常高,特别是结合具体的临床医学问题。 分析所使用的工具: cellranger 【分析常规scRNA-seq,antibody hashtag,Perturb-seq】 spaceranger 【visum空间转录组数据】 cellranger-atac 【独立分析ATAC数据】