可以一起染。两者都属于复合染料，是通过荧光共振能量转移原理，将小分子染料和荧光蛋白串联在一起组成的染料。这两者是可以一起使用的。在多数的流式仪器上，PECy7和APCCy7是可以同时使用的。该两种染料是被不同的激光激发的，发射光一样，在大多数的流式仪器上是可以同时使用的。
因为PE-Cy7和APC-Cy7是被不同激光激发的，所以尽管留着的释放光一样，在大多数的流式仪器上是可以同时使用的。有一个例外，如果这个仪器的激光是同轴排列的，那就不能同时使用不同激光激发，但释放光一样的荧光素。因为，没有了时间差，机器无法区分同样的光子是来源于哪个激光所激发。