PDB文件解读 1. 在PDB文件中,ATOM模块是记录蛋白质分子中原子坐标信息的模块,每一行代表一个原子的坐标信息。 如下图所示是pdb文件的部分内容: 第一列:记录原子的标识号;第二列:原子序号;第三列:原子名称;第四列:残基名称;第五列:链ID;第六列:残基序号;第7-9列:原子坐标;第10列:occupancy,原子占位率;第...
PDB文件解读 https://blog.csdn.net/weixin_40013463/article/details/81735304 PDB(Protein Data Bank)是一种标准文件格式, 其中包含原子的坐标等信息, 提交给 Protein Data Bank at the Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB) 的结构都使用这种标准格式. 这里整理网上已有的一些资料, 对PDB格式...
包含RNA PDB文件的获取,RNA结构简介以及PDB文件的详细解读。, 视频播放量 4861、弹幕量 19、点赞数 144、投硬币枚数 94、收藏人数 251、转发人数 42, 视频作者 asia1987, 作者简介 所谓人生,不过是选择自己相信的,并为之奋斗~,相关视频:蒙特卡洛(Monte Carlo, MCMC)
结构名称: Protein Structure Details 主要组分信息:PDB ID: 详细ID展示大分子的结构身份 COMPND: ID: 大分子编号, 名称: 标准名称, 链名: 链的标识, 序列范围: 残基序列的起止位置 天然来源: ORGANISM: 生物学背景和来源 实验方法揭秘: EXPDTA: 实验技术与数据获取途径 发布者信息...
蛋白质PDB文件解析概要 PDB文件的头部信息主要包括以下几部分:HEADER：包含分子类型、发布日期和PDB ID，标识了结构的基本信息。 TITLE：由发布者自定义的结构名称，描述了结构的核心内容。 COMPND：详述了大分子组分，包括ID、名称、链、序列范围、可能的人为改造等。 SOURCE和相关术语（如ORGANIS...
1、山东大学 基础医学院 生物信息学课题组荣誉出品 生物信息学第二章:生物数据库(第二部分) 生物信息学第二章:生物数据库(第二部分) 一级蛋白质结构数据库:PDB 文件注释解读 一级蛋白质结构数据库:PDB 文件注释解读 PDB 文件和我们之前见过的 GenBank 还有 UniProtKB 的纯文本数据库记录差不多。也 是每行有...
[20] 2.8.2 PDB文件注释解读 2333播放 待播放 [21] 2.8.3 PDB文件3D展示JS... 1296播放 03:32 [22] 2.9.1 结构域家族数据库Pfa... 1737播放 03:12 [23] 2.9.2 结构分类数据库CATH... 1281播放 05:18 [24] 2.9.3 结构分类数据库SCOP... 1771播放 02:12 [25] 2.10.1 京都基因与基...
山东大学基础医学院生物信息学课题组荣誉出品http://.crc.sdu.edu/bioinfo《生物信息学》第二章:生物数据库(第二部分)一级蛋白质结构数据库:PDB文件注释解读PDB文件和我们之前见过的GenBank还有UniProtKB的纯文本数据库记录差不多。也是每行有条目索引词,后面是具体内容。我们通过浏览3H6X的PDB文件,看看这样的文本...